| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,717,915 | T→C | 7.2% | I364I (ATT→ATC) | atpA → | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,717,915 | 0 | T→C | 7.2% | 47.2 ‑2.6 ‑0.0 | 306 | I364I (ATT→ATC) | atpA | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (6/16): ref base (136/148): total (142/164) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.63e-02 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.95e-01 | ||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
AAACTCAGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGG > NC_007779/3717815‑3718015 | aaCTCAGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTc < 1:12445707/101‑1 (MQ=255) aaCTCAGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTc > 1:6055026/1‑101 (MQ=255) aCTCAGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCg < 1:8979972/101‑1 (MQ=255) tCAGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTc < 1:9609059/101‑1 (MQ=255) aGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCt > 1:6681871/1‑101 (MQ=255) aGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCt < 1:10425567/101‑1 (MQ=255) aGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCt < 1:9177772/101‑1 (MQ=255) gggTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCgg > 1:10508953/1‑101 (MQ=255) gTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGtt < 1:5330687/101‑1 (MQ=255) gTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGtt < 1:5156591/101‑1 (MQ=255) gTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGtt < 1:1663292/101‑1 (MQ=255) tGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTa < 1:3717321/101‑1 (MQ=255) gACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTaa < 1:13524111/101‑1 (MQ=255) 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ggTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGc > 1:4195845/1‑101 (MQ=255) aTTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGctct < 1:7154186/101‑1 (MQ=255) tCGACCCGCGGTTAACCCGGGCATTTCCGTATCCCGTGTTGGCGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTACCCGTACAGCTCTga > 1:5072055/1‑100 (MQ=255) | AAACTCAGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGG > NC_007779/3717815‑3718015 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |