Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 4,166,112 | T→C | 9.2% | R83R (CGT→CGC) | rpsL → | 30S ribosomal protein S12 |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 4,166,112 | 0 | T→C | 9.2% | 58.5 ‑0.9 ‑0.8 | 260 | R83R (CGT→CGC) | rpsL | 30S ribosomal protein S12 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (15/9): ref base (123/112): total (139/121) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.95e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.66e-01 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
GTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTCGTTCCAAGT > NC_007779/4166012‑4166212 | tAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTg > 1:12701629/1‑101 (MQ=255) tAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTg < 1:10113828/101‑1 (MQ=255) tAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTg < 1:3941138/101‑1 (MQ=255) aaaGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTgg < 1:9328589/101‑1 (MQ=255) aGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCg < 1:2849606/101‑1 (MQ=255) tATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGt < 1:12401076/101‑1 (MQ=255) aTGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTc < 1:845601/101‑1 (MQ=255) aTGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTc < 1:8014624/101‑1 (MQ=255) gCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCGGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCgt > 1:4836103/1‑101 (MQ=255) gCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCgt < 1:11752478/101‑1 (MQ=255) gCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCgt < 1:563264/101‑1 (MQ=255) ccGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACTTCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCgtg < 1:9763647/101‑1 (MQ=255) ccGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCgtg > 1:13173026/1‑101 (MQ=255) ccGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCgtg < 1:82625/101‑1 (MQ=255) tgtTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTa > 1:14236096/1‑101 (MQ=255) tgtTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTa > 1:12462086/1‑101 (MQ=255) tCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAg > 1:664944/1‑101 (MQ=255) tCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAg > 1:860439/1‑101 (MQ=255) tCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAg < 1:3392083/101‑1 (MQ=255) cGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGa < 1:3070689/101‑1 (MQ=255) cGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGa < 1:4883220/101‑1 (MQ=255) cGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGa > 1:10777018/1‑101 (MQ=255) cGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGa > 1:724844/1‑101 (MQ=255) gTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGAc < 1:9227224/101‑1 (MQ=255) cTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCt < 1:5743658/101‑1 (MQ=255) cTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCt > 1:1732348/1‑101 (MQ=255) tGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTc < 1:13590132/101‑1 (MQ=255) aCTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTccc < 1:11500058/101‑1 (MQ=255) tAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCgg < 1:6605129/101‑1 (MQ=255) tAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCgg > 1:8530095/1‑101 (MQ=255) aaCGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCggg > 1:559427/1‑101 (MQ=255) ttCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCg < 1:12266780/101‑1 (MQ=255) cGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGCCCTCCCGGGTGTTCGtt < 1:10877635/101‑1 (MQ=255) cGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGtt > 1:6757262/1‑101 (MQ=255) aGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTAcc > 1:8215633/1‑101 (MQ=255) aGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACATCCCGGGTGTTCGTTAcc > 1:9843898/1‑101 (MQ=255) aGTGACTTCCTACATCGGTGGGAAAGGTCACAACCTGCAGGAGCTCTCCGTTATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTAcc < 1:3313447/101‑1 (MQ=255) gTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAGCCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACca < 1:9534301/101‑1 (MQ=255) gTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACca < 1:2144829/101‑1 (MQ=255) gTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACca < 1:2185146/101‑1 (MQ=255) tGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACcac > 1:12926066/1‑101 (MQ=255) cTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACAcc < 1:13269573/101‑1 (MQ=255) ttCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCg > 1:3218410/1‑101 (MQ=255) tCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGt > 1:1848996/1‑101 (MQ=255) tCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGt < 1:523650/101‑1 (MQ=255) cTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTAc < 1:2967355/101‑1 (MQ=255) cTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTAc < 1:4008984/101‑1 (MQ=255) cattccgggtgAGGGCCACAACCTGCAGGAGCACTCCATGGTGCTCGTTCGCGGTGGTCGTGTTAAGGACCTCCCGGGTGTCCGCTACAAGATCGTCCgtg < 1:7739022/94‑1 (MQ=255) cattccgggtgAGGGCCACAACCTGCAGGAGCACTCCATGGTGCTCGTTCGCGGTGGTCGTGTTAAGGACCTCCCGGGTGTCCGCTACAAGATCGTCCgtg > 1:13407672/8‑101 (MQ=255) cATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACgtg < 1:14177550/101‑1 (MQ=255) aTCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACgtgg > 1:6943899/1‑101 (MQ=255) tCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACgtggt < 1:7848851/101‑1 (MQ=255) tCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACgtggt < 1:1197360/101‑1 (MQ=255) tccgggtgAGGGCCACAACCTGCAGGAGCACTCCATGGTGCTCGTTCGCGGTGGTCGTGTTAAGGACCTCCCGGGTGTCCGCTACAAGATCGTCCgtggtt < 1:1448505/97‑2 (MQ=255) tccgggtgAGGGCCACAACCTGCAGGAGCACTCCATGGTGCTCGTTCGCGGTGGTCGTGTTAAGGACCTCCCGGGTGTCCGCTACAAGATCGTCCgtggtt > 1:6159217/5‑100 (MQ=255) 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ggtgAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCt > 1:11860382/1‑101 (MQ=255) ggtgAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCt < 1:8840735/101‑1 (MQ=255) gAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGa < 1:121010/101‑1 (MQ=255) agggccacaACCTGCAGGAGCACTCCATGGTGCTCGTTCGCGGTGGTCGTGTTAAGGACCTCCCGGGTGTCCGCTACAAGATCGTCCGTGGTTCCCTCGAc > 1:7364692/6‑101 (MQ=255) aGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACt > 1:12174587/1‑101 (MQ=255) ggTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTg > 1:6318011/1‑101 (MQ=255) ggTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTg > 1:4401025/1‑101 (MQ=255) 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aaCCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCgg > 1:262938/1‑101 (MQ=255) ccTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCg > 1:13625460/1‑101 (MQ=255) gCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTa > 1:8555707/1‑101 (MQ=255) aGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTaaa > 1:11109461/1‑101 (MQ=255) aGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTaaa > 1:11585198/1‑101 (MQ=255) ggAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAg < 1:10027589/101‑1 (MQ=255) gAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGa > 1:90955/1‑101 (MQ=255) 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gatcctgatccGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAgg < 1:11327918/101‑1 (MQ=255) ctgatccGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTCg > 1:9338960/1‑101 (MQ=255) gatccGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTCGtt < 1:13929700/101‑1 (MQ=255) gatccGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTCGtt > 1:7511513/1‑101 (MQ=255) atccGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTCGTTc > 1:6814015/1‑101 (MQ=255) tccGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTGCGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTCGTTcc < 1:13087055/101‑1 (MQ=255) tccGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTCGTTcc > 1:10705714/1‑101 (MQ=255) ccGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTCGTTCCa < 1:5118982/101‑1 (MQ=255) tGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTCGTTCCAAGt < 1:895253/101‑1 (MQ=255) tGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTCGTTCCAAGt < 1:6074755/101‑1 (MQ=255) | GTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTCGTTCCAAGT > NC_007779/4166012‑4166212 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |