| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 224,759 | T→G | 15.3% | noncoding (989/1542 nt) | rrsH → | 16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 224,759 | 0 | T→G | 15.3% | 126.8 0.0 ‑0.1 | 241 | noncoding (989/1542 nt) | rrsH | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (20/17): ref base (107/97): total (127/114) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.40e-01 | ||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
GGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGG > NC_007779/224672‑224859 | ggTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCcaca < 1:6585896/101‑1 (MQ=11) tAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑Gaa > 1:10123995/1‑101 (MQ=32) tAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑Gaa > 1:2818411/1‑101 (MQ=32) tAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑Gaa > 1:6711109/1‑101 (MQ=32) aaaaCTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAAc > 1:5419808/1‑101 (MQ=33) aaCTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACtt > 1:13613579/1‑101 (MQ=35) aaCTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACtt > 1:12650405/1‑101 (MQ=35) aaCTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATATACA‑ggatcg > 1:14141281/1‑96 (MQ=1) aaCTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATATACA‑ggatcg < 1:4149703/101‑6 (MQ=1) aaCTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATATACA‑ggatcg < 1:8615929/101‑6 (MQ=1) aaCTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATATACA‑ggatcg > 1:5653634/1‑96 (MQ=1) aCTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACttt < 1:3944767/101‑1 (MQ=35) aCTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATATACA‑ggatcgc > 1:303989/1‑95 (MQ=1) aCTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATATACA‑ggatcgc > 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aaaTGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCag > 1:11705010/1‑101 (MQ=39) aaaGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATATACA‑ggatcgcgcca < 1:4678527/101‑11 (MQ=1) aaaGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATATACA‑ggatcgcgcca > 1:6262055/1‑91 (MQ=1) aaaGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATATACA‑ggatcgcgcca < 1:2751892/101‑11 (MQ=1) aaaGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATATACA‑ggatcgcgcca > 1:9668504/1‑91 (MQ=1) aaaGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATATACA‑ggatcgcgcca < 1:100318/101‑11 (MQ=1) aaTGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCaga < 1:3442799/101‑1 (MQ=39) tGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAgaga > 1:1885766/1‑101 (MQ=39) gAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGAt < 1:10881437/101‑1 (MQ=40) aTTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATgg < 1:12575123/101‑1 (MQ=255) aTTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATgg < 1:8417733/101‑1 (MQ=255) ttaaCGGGGGACGGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGa < 1:9857062/98‑1 (MQ=255) tGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGAt < 1:1220329/101‑1 (MQ=255) tGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGAt > 1:11093938/1‑101 (MQ=255) tGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGAt < 1:2453126/101‑1 (MQ=255) gACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGAtt > 1:11984160/1‑101 (MQ=255) gACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACATGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGAtt > 1:3866150/1‑101 (MQ=255) aCGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTg < 1:5145274/101‑1 (MQ=255) cGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTgg < 1:13010766/101‑1 (MQ=255) cGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATATACAGGATCGCGCCAGAGATGGagtt > 1:9293085/1‑98 (MQ=1) gggggCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGt > 1:825947/1‑101 (MQ=255) ggggCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTg > 1:7061393/1‑101 (MQ=255) gggCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGc < 1:7732560/101‑1 (MQ=255) gCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCt > 1:9754251/1‑101 (MQ=255) ccGCACAATCGTTGGAACATCTGGTATAATTCGATGCAACGCTAAGAACCTTACCTGGTCTTGACCTCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGccccc < 1:11787780/101‑4 (MQ=17) ccGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTc > 1:3007689/1‑101 (MQ=255) ccGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTc < 1:1731465/101‑1 (MQ=255) cGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGGAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCg > 1:12950796/1‑101 (MQ=255) cacaAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCggg > 1:10769957/1‑101 (MQ=255) caAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGaa > 1:1293342/1‑101 (MQ=255) caAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGaa > 1:1931611/1‑101 (MQ=255) aaGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAAc > 1:6760711/1‑101 (MQ=255) aaGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAAc > 1:3194241/1‑101 (MQ=255) cGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACtgt > 1:10667494/1‑101 (MQ=255) tGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTgag < 1:13340274/101‑1 (MQ=255) 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ttACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGaa > 1:8073793/1‑101 (MQ=255) ttACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGaa > 1:1674867/1‑101 (MQ=255) tACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGaaa > 1:13470624/1‑101 (MQ=255) cTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGt > 1:7316525/1‑101 (MQ=255) cTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGt > 1:3102038/1‑101 (MQ=255) tGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGtt < 1:2042023/101‑1 (MQ=255) ggTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTg > 1:10313223/1‑101 (MQ=255) gTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTgg < 1:12426472/101‑1 (MQ=255) gTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTgg < 1:12280096/101‑1 (MQ=255) | GGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACA‑GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGG > NC_007779/224672‑224859 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |