| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 224,892 | T→A | 24.4% | noncoding (1122/1542 nt) | rrsH → | 16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 224,892 | 0 | T→A | 24.4% | 267.9 ‑1.9 ‑2.4 | 316 | noncoding (1122/1542 nt) | rrsH | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (48/29): ref base (126/113): total (174/142) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.49e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.45e-03 | ||||||||||
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
TGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAG > NC_007779/224792‑224990 | tGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCttt > 1:10146442/1‑101 (MQ=38) ggTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCtttt < 1:4289612/101‑1 (MQ=37) gCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTttgtt < 1:2819698/101‑1 (MQ=35) ttCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGcc > 1:13879075/1‑101 (MQ=35) tCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCa < 1:8193196/101‑1 (MQ=35) tCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCa < 1:7803915/101‑1 (MQ=35) cGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAg > 1:8593597/1‑101 (MQ=35) gAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑gg < 1:9045573/101‑1 (MQ=35) gAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑gg > 1:7464410/1‑101 (MQ=35) gAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑gg > 1:4752848/1‑101 (MQ=35) aaCTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGt > 1:1136588/1‑101 (MQ=35) aCTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTc > 1:603204/1‑101 (MQ=35) tgtgAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTccg < 1:2244264/101‑1 (MQ=34) tgtgAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTccg > 1:3090586/1‑101 (MQ=33) cAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGa > 1:11719610/1‑101 (MQ=32) aGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑CGTCCGGCCgggga > 1:12995648/1‑99 (MQ=17) tgTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAAc < 1:10001606/100‑1 (MQ=18) gTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACt > 1:9811552/1‑101 (MQ=32) gctgcATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCa < 1:4220485/101‑1 (MQ=33) ctgcATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCaa > 1:6694059/1‑101 (MQ=32) tgcATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCaaa > 1:5037025/1‑101 (MQ=32) tgcATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCaaa > 1:192070/1‑101 (MQ=32) gcATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAg > 1:3764973/1‑101 (MQ=32) gcATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAg < 1:13345986/101‑1 (MQ=33) cATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAgg > 1:11919728/1‑101 (MQ=32) ggCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGgaga < 1:6360213/101‑1 (MQ=33) gCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGAc > 1:14261126/1‑101 (MQ=32) cTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACt > 1:6489076/1‑101 (MQ=32) tGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTg > 1:765205/1‑101 (MQ=32) tGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTg > 1:11663847/1‑101 (MQ=32) gtcgtcAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGc > 1:9885604/1‑101 (MQ=32) cgtcAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCa > 1:12555543/1‑101 (MQ=32) tcAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGt > 1:3249328/1‑101 (MQ=32) cAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTg < 1:10350337/101‑1 (MQ=32) aGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGa > 1:8243733/1‑101 (MQ=32) gCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGAt > 1:1551259/1‑101 (MQ=32) cTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATa > 1:9376723/1‑101 (MQ=32) cTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATa > 1:3648065/1‑101 (MQ=32) cTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATa > 1:9638707/1‑101 (MQ=32) tCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATaa > 1:729300/1‑101 (MQ=32) ttgtGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑gg < 1:10962465/101‑1 (MQ=32) ttgtGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑gg < 1:5812707/101‑1 (MQ=32) tgtgAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑gga > 1:9232526/1‑101 (MQ=32) tgtgAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑gga < 1:13114103/101‑1 (MQ=32) tgAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑ggagg > 1:12017136/1‑101 (MQ=32) tgAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑ggagg < 1:4644261/101‑1 (MQ=32) aaTGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAg < 1:2655814/101‑1 (MQ=32) gggTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTgggg > 1:1797525/1‑101 (MQ=32) ggTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGa < 1:11316240/101‑1 (MQ=32) ttAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGAt < 1:10641296/101‑1 (MQ=2) tAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATg > 1:754416/1‑101 (MQ=2) tAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGa > 1:4334538/1‑101 (MQ=33) aaGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGa > 1:7919817/1‑101 (MQ=2) aaGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGAc > 1:4523909/1‑101 (MQ=33) aaGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGAc < 1:13945526/101‑1 (MQ=32) aGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGAc < 1:7055495/101‑1 (MQ=2) gTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGt < 1:5142415/101‑1 (MQ=32) cccGCAACGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTc > 1:13591082/1‑101 (MQ=2) cccGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCa > 1:8361148/1‑101 (MQ=33) cccGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCa > 1:8521881/1‑101 (MQ=33) ccGCAACGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCa < 1:5312206/101‑1 (MQ=2) ccGCAACGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCa > 1:9934842/1‑101 (MQ=2) ccGCAACGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCa < 1:3960564/101‑1 (MQ=2) ccGCAACGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCC‑GGGGTTAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCa < 1:1783446/101‑1 (MQ=2) ccGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCaa < 1:13296367/101‑1 (MQ=32) cGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAg > 1:5469074/1‑101 (MQ=33) gCAACGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCaaa < 1:2947604/101‑2 (MQ=2) gCAACGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCaaa < 1:1605124/101‑2 (MQ=255) gCAACGAGCGCAACCCTTGTCTTAAGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCC‑GGGGTTAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCaaa < 1:6831379/101‑2 (MQ=255) cAACGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCaaat > 1:7638717/1‑99 (MQ=255) aaCGGGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAAtc > 1:13453551/1‑101 (MQ=255) aaCGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCaaata > 1:4084465/1‑98 (MQ=2) aaCGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAAtc > 1:12149030/1‑101 (MQ=2) aaCGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGtca < 1:9534534/101‑1 (MQ=32) aaCGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGtca > 1:4856516/1‑101 (MQ=33) aCGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAAtca > 1:3443684/1‑101 (MQ=2) aCGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAAtca > 1:205255/1‑101 (MQ=2) aCGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGtcat < 1:1695707/101‑1 (MQ=32) aCGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGtcat > 1:4406316/1‑101 (MQ=33) cGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGtcatc < 1:13427197/101‑1 (MQ=32) aGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCC‑GGGGTTAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAAtcatca < 1:6166146/101‑1 (MQ=2) aGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTcatcat < 1:8718146/101‑1 (MQ=32) aGCGCAACCATTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTcatcat < 1:10752450/101‑1 (MQ=17) gcgcAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATcatcat > 1:6558572/1‑101 (MQ=2) gcgcAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCC‑GGGGTTAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATcatcat < 1:1007962/101‑1 (MQ=2) gcgcAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATg < 1:8830015/101‑1 (MQ=32) cgcAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATg < 1:2558786/101‑1 (MQ=2) gcAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATgc > 1:5906416/1‑100 (MQ=2) gcAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACGTTGTGGTGGGGACTCGTAAGAAACTGCCGGGGTTAACTC‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATgc < 1:5612414/101‑2 (MQ=2) gcAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGc > 1:10209039/1‑101 (MQ=32) gcAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGc < 1:11535069/101‑1 (MQ=32) cAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGcc > 1:12334433/1‑101 (MQ=32) aCCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCt > 1:7971264/1‑101 (MQ=32) aCCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCt > 1:7160292/1‑101 (MQ=32) cccTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCtt > 1:10411489/1‑101 (MQ=32) cccTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCtt < 1:11442268/101‑1 (MQ=32) tCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAcc < 1:3519092/101‑1 (MQ=32) cTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCa > 1:2591530/1‑101 (MQ=31) ttttGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAg < 1:1291937/101‑1 (MQ=11) ttttGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAg > 1:2397817/1‑101 (MQ=11) | TGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTTGTTGCCAGC‑GGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACT‑GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAG > NC_007779/224792‑224990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |