Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_007779 4,169,454 G→C 37.4% G123A (GGT→GCT)  tufA → protein chain elongation factor EF‑Tu

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_0077794,169,4540G→C37.4% 116.2 ‑1.4 ‑0.883G123A (GGT→GCT) tufAprotein chain elongation factor EF‑Tu
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (9/22):  ref base (23/29):  total (32/51)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.44e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.49e-01

Only 100 of 103 total aligned reads displayed.

AAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTACA  >  NC_007779/4169354‑4169477
                                                                                                    |                       
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       tGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAg                  >  1:9271339/1‑101 (MQ=32)
       tGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAg                  <  1:8744532/101‑1 (MQ=32)
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            aCCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAgg             <  1:10732498/101‑1 (MQ=32)
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               ggTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGt          >  1:2211695/1‑101 (MQ=32)
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                     gctCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGCACGTTCTCCTGGCTCGCCAGGTTGGCGTTCCGTa    >  1:379783/1‑101 (MQ=2)
                     gctCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGCACGTTCTCCTGGCTCGCCAGGTTGGCGTTCCGTa    <  1:7593748/101‑1 (MQ=2)
                     gctCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTACGATGCCGCAGACCCGTGAGCACGTTCTCCTCGCTCGCCAGGTTGGCGTTCCGTa    >  1:11403635/1‑101 (MQ=2)
                     gctCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTa    <  1:2806685/101‑1 (MQ=32)
                     gctCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTa    >  1:9684001/1‑101 (MQ=32)
                     gctCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTa    <  1:7932204/101‑1 (MQ=32)
                      ctCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGCACGTTCTCCTGGCTCGCCAGGTTGGCGTTCCGTAc   <  1:10833959/101‑1 (MQ=2)
                      ctCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTAc   <  1:1315391/101‑1 (MQ=31)
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                       tCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTAca  >  1:12262393/1‑101 (MQ=11)
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                                                                                                    |                       
AAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTACA  >  NC_007779/4169354‑4169477

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.