Predicted mutation
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RA	NC_007779	4,169,458	T→C	36.6%	R124R (CGT→CGC)	tufA →	protein chain elongation factor EF‑Tu

Read alignment evidence...
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*	NC_007779	4,169,458	0	T→C	36.6%	97.6 ‑1.9 ‑1.2	82	R124R (CGT→CGC)	tufA	protein chain elongation factor EF‑Tu
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (8/22):  ref base (23/29):  total (31/51)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.57e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.51e-02

CATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTACA  >  NC_007779/4169359‑4169477                                                                                                    |                    cATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCTACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGgtcgtc                    <  1:13929247/101‑1 (MQ=17) cATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGgtcgtc                    <  1:2704832/101‑1 (MQ=32) cATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGgtcgtc                    >  1:6473289/1‑101 (MQ=33) cATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGgtcgtc                    <  1:7012334/101‑1 (MQ=32) cATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGgtcgtc                    <  1:7540621/101‑1 (MQ=32) cATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGgtcgtc                    >  1:10795131/1‑101 (MQ=33)  aTGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGCACGTTCTCCTGGCTCGCCa                   >  1:10689331/1‑101 (MQ=2)  aTGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCa                   >  1:1029359/1‑101 (MQ=33)  aTGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCa                   <  1:295600/101‑1 (MQ=32)  aTGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCa                   <  1:3375596/101‑1 (MQ=32) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.