| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 224,791 | Δ1 bp | 1.7% | noncoding (1021/1542 nt) | rrsH → | 16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 224,791 | 0 | T→. | 1.7% | 5.7 0.0 ‑0.0 | 229 | noncoding (1021/1542 nt) | rrsH | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/2): ref base (114/111): total (116/113) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.45e-01 | ||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
TGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTT > NC_007779/224691‑224891 | tGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGAt > 1:6929075/1‑101 (MQ=255) gACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGAtt > 1:9758735/1‑101 (MQ=255) gACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGAtt < 1:8826140/101‑1 (MQ=255) gACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGAtt > 1:1862681/1‑101 (MQ=255) aCGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTg < 1:10112620/101‑1 (MQ=255) gggggCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGt < 1:1542071/101‑1 (MQ=255) ggCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGcc < 1:7134038/101‑1 (MQ=255) ggCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGcc > 1:60101/1‑101 (MQ=255) gCCCACACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCt < 1:6670432/101‑1 (MQ=255) ccGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTc < 1:13668609/101‑1 (MQ=255) ccGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTc > 1:2898944/1‑101 (MQ=255) cGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCg > 1:13981368/1‑101 (MQ=255) cGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCg < 1:15068994/101‑1 (MQ=255) gCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCgg < 1:3713549/101‑1 (MQ=255) acaAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGa < 1:2540252/101‑1 (MQ=255) aGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGGACt < 1:13304375/101‑1 (MQ=255) aGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACt > 1:11239021/1‑101 (MQ=255) aGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACt < 1:5900993/101‑1 (MQ=255) gCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACtg < 1:6146807/101‑1 (MQ=255) cGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACtgt > 1:970088/1‑101 (MQ=255) ggTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACtgtg < 1:1522669/101‑1 (MQ=255) ggTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACtgtg < 1:1249710/101‑1 (MQ=255) tGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTgag < 1:11930576/101‑1 (MQ=255) gAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGAc < 1:6213920/101‑1 (MQ=255) aGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACa < 1:14682169/101‑1 (MQ=255) gCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAg > 1:10049672/1‑101 (MQ=255) gCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAg > 1:1231117/1‑101 (MQ=255) aTGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGt < 1:1118266/101‑1 (MQ=255) tgGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGtgct < 1:2743819/101‑1 (MQ=255) ggTTTGATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGtgctg > 1:9010650/1‑101 (MQ=255) ggTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGtgctg > 1:10281396/1‑101 (MQ=255) ggTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGtgctg > 1:10817158/1‑101 (MQ=255) ggTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGtgctg > 1:12643957/1‑101 (MQ=255) gTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGtgctgc < 1:11019855/101‑1 (MQ=255) gTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGtgctgc > 1:4963624/1‑101 (MQ=255) gTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGtgctgc > 1:4351575/1‑101 (MQ=255) gTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGtgctgc > 1:12987037/1‑101 (MQ=255) tttAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCa > 1:11119394/1‑101 (MQ=255) ttAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCAt > 1:6293063/1‑101 (MQ=255) tAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATg > 1:7927597/1‑101 (MQ=255) tAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATg < 1:4181130/101‑1 (MQ=255) aaTTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATgg > 1:3401074/1‑101 (MQ=255) ttCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCt < 1:6708032/101‑1 (MQ=255) ttCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCt < 1:14494242/101‑1 (MQ=255) cGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTgt > 1:15090873/1‑101 (MQ=255) cGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTgt < 1:7278152/101‑1 (MQ=255) gATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTgtc < 1:6480761/101‑1 (MQ=255) gATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTgtc < 1:10321864/101‑1 (MQ=255) gATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTgtc > 1:8303798/1‑101 (MQ=255) gCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTgtcgtc < 1:1290077/101‑1 (MQ=255) gCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTgtcgtc > 1:6537271/1‑101 (MQ=255) cAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCTGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCa < 1:9462599/101‑1 (MQ=255) cAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCa < 1:9301310/101‑1 (MQ=255) cAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCa < 1:12746472/101‑1 (MQ=255) aaCGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAg > 1:2305251/1‑101 (MQ=255) 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gcgAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTc > 1:3880389/1‑101 (MQ=255) cgAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCg > 1:10541431/1‑101 (MQ=255) cgAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCg > 1:7044599/1‑101 (MQ=255) gaagaaCCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCgt < 1:12189793/101‑1 (MQ=255) gaagaaCCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCgt < 1:5148809/101‑1 (MQ=255) agaaCCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCgtgt < 1:2029357/101‑1 (MQ=255) ccTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTtgtg > 1:580107/1‑101 (MQ=255) 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tCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTggg > 1:11565146/1‑101 (MQ=255) ttGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGtt < 1:10956236/101‑1 (MQ=255) tGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTa < 1:904201/101‑1 (MQ=255) tGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTa < 1:3814164/101‑1 (MQ=255) tGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTa > 1:7497973/1‑101 (MQ=255) aTCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTc > 1:1889997/1‑101 (MQ=255) tCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTcc > 1:14191444/1‑101 (MQ=255) 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gATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATc > 1:2397881/1‑101 (MQ=38) ttGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCtt > 1:7371277/1‑101 (MQ=39) ttGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCtt > 1:909797/1‑101 (MQ=39) | TGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACAGAA‑CTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTT > NC_007779/224691‑224891 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |