| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | = 1221495 | 1 (0.000) | 194 (0.910) | 117/180 | NT | 99.5% | intergenic (+717/+2387) | ymgF/ymgD | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_007779 | = 1302369 | NA (NA) | intergenic (+11/‑527) | insD/oppA | IS2 element protein/oligopeptide transporter subunit | |||||
Only 100 of 473 total aligned reads displayed.
CTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGAATGGTGATA > NC_007779/1221395‑1221595 | tatataAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggat < 1:11662185‑M1/101‑6 (MQ=255) tataAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggattt > 1:4944592‑M1/1‑94 (MQ=255) taatGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccct < 1:14818310‑M1/101‑14 (MQ=255) caatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTg > 1:979849‑M1/82‑101 (MQ=255) aatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTgg > 1:9676241‑M1/81‑101 (MQ=255) aatGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgccccta < 1:11958612‑M1/101‑15 (MQ=255) atgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggctgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGa > 1:7280874‑M1/80‑101 (MQ=255) tgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGaa > 1:1871373‑M1/79‑101 (MQ=255) ccAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatt < 1:8421656‑M1/101‑19 (MQ=255) actagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGc > 1:8674681‑M1/77‑101 (MQ=255) actagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGc > 1:13856336‑M1/77‑101 (MQ=255) ctagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCg > 1:8893442‑M1/76‑101 (MQ=255) ctagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCg < 1:2741502‑M1/26‑1 (MQ=255) cAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatattt > 1:13993596‑M1/1‑82 (MQ=255) cAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatattt < 1:2645359‑M1/101‑20 (MQ=255) cAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatattt < 1:10904386‑M1/101‑20 (MQ=255) tctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATc > 1:327796‑M1/72‑101 (MQ=255) tctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATc < 1:4009883‑M1/30‑1 (MQ=255) gatgaCTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagac > 1:5167241‑M1/1‑76 (MQ=255) atgaCTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGa < 1:4170025/101‑1 (MQ=255) aaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACa < 1:5907415‑M1/35‑1 (MQ=255) ctagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAg < 1:11874634‑M1/38‑1 (MQ=255) tggtgATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttat < 1:4350504‑M1/101‑35 (MQ=255) ggtgATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatc > 1:4835723‑M1/1‑66 (MQ=255) ccgatctgatcttatGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatc < 1:8975501‑M1/94‑36 (MQ=255) attaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAAt < 1:11157264‑M1/43‑1 (MQ=255) tgATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcac > 1:7904913‑M1/1‑64 (MQ=255) gATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcact > 1:10245466‑M1/1‑63 (MQ=255) tGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactta > 1:1239849‑M1/1‑61 (MQ=255) tGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactta < 1:11562213‑M1/101‑41 (MQ=255) gATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaac < 1:2282501‑M1/101‑43 (MQ=255) tCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccc < 1:4480843‑M1/101‑45 (MQ=255) atcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGATGGATa < 1:13737421‑M1/52‑1 (MQ=255) atcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATa < 1:3668067‑M1/52‑1 (MQ=255) atcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATa < 1:460603‑M1/52‑1 (MQ=255) atcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATa < 1:5097273‑M1/52‑1 (MQ=255) atcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATa < 1:14571135‑M1/52‑1 (MQ=255) atcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATa < 1:13220053‑M1/52‑1 (MQ=255) ggTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattaca < 1:881564‑M1/101‑51 (MQ=255) ttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAAcagccagc < 1:12114616‑M1/61‑1 (MQ=255) taagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAgcg < 1:7443025‑M1/62‑1 (MQ=255) tCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccg > 1:11723823‑M1/1‑45 (MQ=255) tgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCagt < 1:6382130‑M1/66‑1 (MQ=255) gTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctg > 1:11794810‑M1/1‑42 (MQ=255) gTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctg > 1:5365273‑M1/1‑42 (MQ=255) gTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctg > 1:2083864‑M1/1‑42 (MQ=255) gatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCagta > 1:3884823‑M1/35‑101 (MQ=255) gatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCagta < 1:2867890‑M1/67‑1 (MQ=255) tGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgcc > 1:13682998‑M1/1‑40 (MQ=255) gATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccg > 1:3198298‑M1/1‑39 (MQ=255) ttggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCa < 1:12203077‑M1/71‑1 (MQ=255) gTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcaga < 1:10511797‑M1/101‑67 (MQ=255) tCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagat > 1:7805069‑M1/1‑34 (MQ=255) gttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTg > 1:11455529‑M1/28‑101 (MQ=255) cAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattccc > 1:6581719‑M1/1‑28 (MQ=255) 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ttatATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcga < 1:10379829‑M1/101‑81 (MQ=255) tcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCAc > 1:9551844‑M1/15‑101 (MQ=255) tatatataAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgag < 1:10706095‑M1/101‑82 (MQ=255) atatataAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagc < 1:14740828‑M1/101‑83 (MQ=255) agggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCa < 1:5755735‑M1/89‑1 (MQ=255) tatataAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcg > 1:6914861‑M1/1‑18 (MQ=255) ggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCtt > 1:12531625‑M1/9‑101 (MQ=255) 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atagcgattggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagc > 1:13562922‑M1/1‑8 (MQ=255) tagcgattggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcg < 1:15203387‑M1/101‑95 (MQ=255) gcgattggatttgcccctaaatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgca > 1:9281234‑M1/1‑5 (MQ=255) cgattggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcac > 1:6267498‑M1/1‑4 (MQ=255) gattggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcact > 1:301905‑M1/1‑3 (MQ=255) gattggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcact > 1:10018643‑M1/1‑3 (MQ=255) attggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcacta < 1:12331754‑M1/101‑100 (MQ=255) attggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcacta > 1:12737846‑M1/1‑2 (MQ=255) atatTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGAATGGTGAt < 1:6742890/101‑1 (MQ=255) ttggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactat < 1:15061366‑M1/101‑101 (MQ=255) ttggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactat < 1:6627104‑M1/101‑101 (MQ=255) ttggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactat > 1:809612‑M1/1‑1 (MQ=255) ttggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactat < 1:6503210‑M1/101‑101 (MQ=255) ttggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactat < 1:11013357‑M1/101‑101 (MQ=255) ttggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactat < 1:2427572‑M1/101‑101 (MQ=255) ttggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactat < 1:13279730‑M1/101‑101 (MQ=255) tatTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGAATGGTGATa > 1:1313701/1‑101 (MQ=255) | CTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGAATGGTGATA > NC_007779/1221395‑1221595 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |