Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 13,389 | G→C | 14.1% | T409T (ACG→ACC) | dnaK → | chaperone Hsp70, co‑chaperone with DnaJ |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 13,389 | 0 | G→C | 14.1% | 110.7 ‑3.5 ‑0.1 | 248 | T409T (ACG→ACC) | dnaK | chaperone Hsp70, co‑chaperone with DnaJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (22/13): ref base (91/122): total (113/135) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.92e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.81e-01 |
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
CTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAACCATCCATGTGCTGCAG > NC_007779/13289‑13488 | tgTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATgacga > 1:1017329/1‑101 (MQ=255) gTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATgacgac < 1:4323107/101‑1 (MQ=255) gTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATgacgac < 1:10895866/101‑1 (MQ=255) gTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATgacgac < 1:1196400/101‑1 (MQ=255) ttCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACATACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGacgacg < 1:9844705/101‑1 (MQ=255) cAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCt < 1:13110849/101‑1 (MQ=255) aGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTg < 1:2159381/101‑1 (MQ=255) gggTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGa < 1:12262248/101‑1 (MQ=255) ggtggtGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGAt < 1:5506799/101‑1 (MQ=255) tgtTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGCCGACGCTGATCGCGa < 1:3898220/101‑1 (MQ=255) tgtTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGa < 1:10859024/101‑1 (MQ=255) ttCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGaaa < 1:6382793/101‑1 (MQ=255) ttCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGaaa < 1:10055631/101‑1 (MQ=255) gACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAaca < 1:11052334/101‑1 (MQ=255) cTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAAcacc > 1:6637810/1‑101 (MQ=255) ggTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAAcaccac < 1:1673565/101‑1 (MQ=255) gTGAGGTCAAGGACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGGGCAACACCACt > 1:4047689/1‑101 (MQ=255) gTGAGGTCAAGGACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACt < 1:12843510/101‑1 (MQ=255) gTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACt < 1:8011773/101‑1 (MQ=255) gTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACt > 1:3428457/1‑101 (MQ=255) gTGACGGAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACt > 1:8728490/1‑101 (MQ=255) tGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTa < 1:10919644/101‑1 (MQ=255) tGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTa > 1:13562223/1‑101 (MQ=255) tGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTa < 1:3957859/101‑1 (MQ=255) tGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTa > 1:3531127/1‑101 (MQ=255) gACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTAt < 1:9382877/101‑1 (MQ=255) aggtcaaggACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTATc < 1:9003269/93‑1 (MQ=255) aCGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTCCCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAATCCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATc < 1:2686717/101‑1 (MQ=255) aCGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTCCCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATc < 1:6214619/101‑1 (MQ=255) aCGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATc < 1:9203913/101‑1 (MQ=255) ggtcaaggACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTATcc < 1:8090745/94‑1 (MQ=255) cGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATcc < 1:15161181/101‑1 (MQ=255) gtcaaggACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTATccc < 1:12624311/95‑1 (MQ=255) gTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATccc > 1:1978430/1‑101 (MQ=255) 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aGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCa > 1:9512750/1‑101 (MQ=255) aGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCa < 1:7740420/101‑1 (MQ=255) aGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCa < 1:5047557/101‑1 (MQ=255) cGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGc < 1:5901343/101‑1 (MQ=255) cGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGc < 1:5638532/101‑1 (MQ=255) gtgctgctgctcGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTATCCCGACCAAGcg < 1:5010280/98‑2 (MQ=255) gTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGca > 1:12076947/1‑101 (MQ=255) tACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGcac > 1:3570179/1‑101 (MQ=255) gctgctgctcGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCCAGGGCAACACCCCTATCCCGACCCAGcgtt > 1:15028004/2‑98 (MQ=255) tgctgctgGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGc > 1:13820549/1‑101 (MQ=255) gctgctgGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGcc < 1:9293968/101‑1 (MQ=255) gctgctgGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGcc < 1:14441456/101‑1 (MQ=255) tgctcGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTATCCCGACCAAGcgttcggag > 1:9691521/1‑93 (MQ=255) ctgGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGgt < 1:1330249/101‑1 (MQ=255) ctgGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGgt < 1:8896873/101‑1 (MQ=255) ggACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGgtgt < 1:816201/101‑1 (MQ=255) cGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTtct < 1:9106974/101‑1 (MQ=255) gTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTtctc > 1:6275763/1‑101 (MQ=255) ttACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTctct < 1:4113451/101‑1 (MQ=255) tACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTa < 1:5886025/101‑1 (MQ=255) tACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTCTGTTGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTa < 1:10619326/101‑1 (MQ=255) aCCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTAc > 1:11159676/1‑101 (MQ=255) ccccGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTAcc < 1:12355812/101‑1 (MQ=255) ccGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGc > 1:4402565/1‑101 (MQ=255) cGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCt < 1:3205873/101‑1 (MQ=255) cTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGa < 1:10339177/101‑1 (MQ=255) tGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGaa < 1:7415542/101‑1 (MQ=255) tGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGaa > 1:7170796/1‑101 (MQ=255) 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tATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGt < 1:3437946/101‑1 (MQ=255) cGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTg < 1:1441044/101‑1 (MQ=255) gAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGc < 1:2390300/101‑1 (MQ=255) aaCCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCgg < 1:1939455/101‑1 (MQ=255) aaCCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCgg > 1:7057484/1‑101 (MQ=255) ccATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTa > 1:797230/1‑101 (MQ=255) ccATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTa < 1:6100003/101‑1 (MQ=255) cATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTaa < 1:14707246/101‑1 (MQ=255) tGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAAcc < 1:4817368/101‑1 (MQ=255) tGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAAcc < 1:4579649/101‑1 (MQ=255) gggCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAAcca < 1:10216834/101‑1 (MQ=255) gggCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAAcca > 1:5155165/1‑101 (MQ=255) gCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAAccatc > 1:14149282/1‑101 (MQ=255) gCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAAccatc < 1:6833397/101‑1 (MQ=255) ggTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAAccatcca > 1:11762618/1‑101 (MQ=255) ggTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAAccatcca < 1:224652/101‑1 (MQ=255) tgtgATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAACCATCCAtg > 1:2431582/1‑101 (MQ=255) tgtgATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAACCATCCAtg < 1:14078417/101‑1 (MQ=255) tgatgaCGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAACCATCCAtgtg < 1:12437910/101‑1 (MQ=255) gatgaCGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAACCATCCATGtgc < 1:8288275/101‑1 (MQ=255) gatgaCGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAACCATCCATGtgc > 1:11260340/1‑101 (MQ=255) acgacgCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAACCATCCATGTGCTGCa < 1:7500614/101‑1 (MQ=255) cgacgCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAACCATCCATGTGCTGCAg > 1:1550098/1‑101 (MQ=255) cgacgCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAACCATCCATGTGCTGCAg > 1:3745081/1‑101 (MQ=255) | CTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAACCATCCATGTGCTGCAG > NC_007779/13289‑13488 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |