| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 13,400 | C→A | 13.3% | A413E (GCG→GAG) | dnaK → | chaperone Hsp70, co‑chaperone with DnaJ |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 13,400 | 0 | C→A | 13.3% | 92.9 ‑2.7 ‑0.1 | 254 | A413E (GCG→GAG) | dnaK | chaperone Hsp70, co‑chaperone with DnaJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (21/13): ref base (97/123): total (118/136) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.51e-02 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.10e-01 | ||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
GGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAACCATCCATGTGCTGCAGGGTGAACGTAAA > NC_007779/13300‑13500 | ggtgTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATcgc < 1:4850587/101‑1 (MQ=255)ggtgTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATcgc < 1:11990100/101‑1 (MQ=255) tgtTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGa < 1:10859024/101‑1 (MQ=255) gtTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGaa > 1:4410381/1‑101 (MQ=255) gtTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGaa < 1:11253451/101‑1 (MQ=255) ttCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGaaa < 1:10055631/101‑1 (MQ=255) ttCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGaaa > 1:11153481/1‑101 (MQ=255) tCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGaaaa < 1:6179805/101‑1 (MQ=255) tGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAac < 1:9297419/101‑1 (MQ=255) gACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAaca < 1:11052334/101‑1 (MQ=255) cTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAAcacc > 1:6637810/1‑101 (MQ=255) ggTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAAcaccac < 1:1673565/101‑1 (MQ=255) gTGAGGTCAAGGACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGGGCAACACCACt > 1:4047689/1‑101 (MQ=255) gTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACt < 1:8011773/101‑1 (MQ=255) tGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTa > 1:6585505/1‑101 (MQ=255) tGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTa > 1:3531127/1‑101 (MQ=255) tGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTa < 1:10919644/101‑1 (MQ=255) gaggtcaaggACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTAt < 1:13045255/92‑1 (MQ=255) aCGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATc > 1:7795509/1‑101 (MQ=255) ggtcaaggACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTATcc < 1:8090745/94‑1 (MQ=255) gtcaaggACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTATccc < 1:12624311/95‑1 (MQ=255) gTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATccc > 1:1152671/1‑101 (MQ=255) tAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCg < 1:4147142/101‑1 (MQ=255) tAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCg > 1:1049176/1‑101 (MQ=255) aaaaGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGa > 1:9031682/1‑101 (MQ=255) aaggACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTATCCCGAc > 1:14880736/4‑101 (MQ=255) aggACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTATCCCGAcc > 1:4584375/3‑101 (MQ=255) aaGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGAcc < 1:14467244/101‑1 (MQ=255) aGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCa < 1:5047557/101‑1 (MQ=255) aGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCa < 1:7740420/101‑1 (MQ=255) gACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTATCCCGACCaa < 1:3387621/101‑1 (MQ=255) aCGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTATCCCGACCAAg > 1:13380766/1‑101 (MQ=255) cGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑c < 1:5901343/101‑1 (MQ=255) gtgctgctgctcGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTATCCCGACCAAG‑cg > 1:2721964/4‑100 (MQ=255) gctgctgctcGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCCAGGGCAACACCCCTATCCCGACCCAG‑cgtt > 1:15028004/2‑98 (MQ=255) tgctgctgGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGc < 1:12186114/101‑1 (MQ=255) tgctgctcGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTATCCCGACCAAG‑cgttcg > 1:696547/1‑96 (MQ=255) gctgctgGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGcc > 1:6352528/1‑101 (MQ=255) gctgctgGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGcc < 1:14441456/101‑1 (MQ=255) ctgctgGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCa < 1:7272181/101‑1 (MQ=255) ctgctgGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCa > 1:14437417/1‑101 (MQ=255) ctgctcGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTATCCCGACCAAG‑cgttcgga > 1:6255058/1‑94 (MQ=255) tgctgGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAg > 1:14557492/1‑101 (MQ=255) tgctcGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTATCCCGACCAAG‑cgttctgag > 1:8464595/1‑93 (MQ=255) gctcGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGAGACCAAGGGCGGTGTCATGACCAAGCTGATCGAGCGCAACACCACTATCCCGACCAAG‑cgttcggaga > 1:9172838/1‑92 (MQ=255) ctgGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGgt < 1:8896873/101‑1 (MQ=255) ctgGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGgt < 1:1330249/101‑1 (MQ=255) ggACGTTGCCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCAGGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGgtgt < 1:3945291/101‑1 (MQ=255) gACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGtt > 1:9535726/1‑101 (MQ=255) gACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGtt > 1:11803643/1‑101 (MQ=255) gACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGtt > 1:14762747/1‑101 (MQ=255) aCGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGGGGGTTGACGCCGCTGA‑CGCGAAAAACCCCAATATCCCCACCCAGCCACACCCAGGTGTtc > 1:5223523/1‑101 (MQ=255) cGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGTtct < 1:13941451/101‑1 (MQ=255) cGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGTtct < 1:8956241/101‑1 (MQ=255) ttACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGTTctct < 1:4113451/101‑1 (MQ=255) aCCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGTTCTCTAc < 1:9736830/101‑1 (MQ=255) ccccGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGTTCTCTAcc > 1:13741995/1‑101 (MQ=255) ccccGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGTTCTCTAcc < 1:12355812/101‑1 (MQ=255) cccGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGTTCTCTACCg > 1:3556963/1‑101 (MQ=255) cGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCt < 1:2232176/101‑1 (MQ=255) cGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCt > 1:10225626/1‑101 (MQ=255) cGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCt < 1:3205873/101‑1 (MQ=255) 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cgcgAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAACCATCCATGTGCTGCAGGGTGAACGTa < 1:10545602/101‑1 (MQ=255) gcgAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAACCATCCATGTGCTGCAGGGTGAACGTaa > 1:7579121/1‑101 (MQ=255) gcgAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAACCATCCATGTGCTGCAGGGTGAACGTaa > 1:5602902/1‑101 (MQ=255) | GGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAG‑CACAGCCAGGTGTTCTCTACCGCTGAAGACAACCAGTCTGCGGTAACCATCCATGTGCTGCAGGGTGAACGTAAA > NC_007779/13300‑13500 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |