| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 2,908,106 | G→A | 4.7% | L73L (CTG→TTG) | pyrG ← | CTP synthetase |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,908,106 | 0 | G→A | 4.7% | 18.2 ‑2.3 ‑1.0 | 214 | L73L (CTG→TTG) | pyrG | CTP synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (8/2): ref base (104/100): total (112/102) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.05e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.05e-01 | ||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CCGCGGCGTTCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTC > NC_007779/2908006‑2908206 | gcggcgTTCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCccaggt > 1:7185624/1‑101 (MQ=255) gcgTTCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCccaggtcca > 1:5244749/1‑101 (MQ=255) gTTCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGGTACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCccaggtccagg > 1:12044148/1‑101 (MQ=255) gTTCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCccaggtccagg > 1:296048/1‑101 (MQ=255) gTTCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCccaggtccagg > 1:3079851/1‑101 (MQ=255) gTTCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCccaggtccagg > 1:3273985/1‑101 (MQ=255) tCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCcaggtccaggtc < 1:118965/101‑1 (MQ=255) tCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCcaggtccaggtc < 1:11575360/101‑1 (MQ=255) tCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCcagggccaggtc > 1:6020078/1‑101 (MQ=255) tACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGtt < 1:10236216/101‑1 (MQ=255) aCGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGttt < 1:10063638/101‑1 (MQ=255) aCGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGttt < 1:9023250/101‑1 (MQ=255) aCGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGttt < 1:11191300/101‑1 (MQ=255) cGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAATGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTc > 1:12717869/1‑101 (MQ=255) gCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCa > 1:5542398/1‑101 (MQ=255) aGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAgc < 1:11688656/101‑1 (MQ=255) aGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAgc < 1:11810853/101‑1 (MQ=255) aaCGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGGACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAgcgc > 1:13292947/1‑101 (MQ=255) gTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGt > 1:4572613/1‑101 (MQ=255) gTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGt < 1:5551041/101‑1 (MQ=255) gTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGt < 1:14075992/101‑1 (MQ=255) cAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCt > 1:11995138/1‑101 (MQ=255) agagTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCtt < 1:762097/101‑1 (MQ=255) tAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGt > 1:9081779/1‑101 (MQ=255) tAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGt > 1:9703266/1‑101 (MQ=255) tAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGt > 1:11285801/1‑101 (MQ=255) aGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTa < 1:7324305/101‑1 (MQ=255) aGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGGGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTa > 1:4254381/1‑101 (MQ=255) aTACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAAc > 1:11252360/1‑101 (MQ=255) aTACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAAc < 1:1661013/101‑1 (MQ=255) tACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACg < 1:7065663/101‑1 (MQ=255) cGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGaa < 1:882369/101‑1 (MQ=255) gACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAac > 1:13462063/1‑101 (MQ=255) aCCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAaca < 1:12991705/101‑1 (MQ=255) aCCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAaca < 1:12621340/101‑1 (MQ=255) cccGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAacac > 1:14583663/1‑101 (MQ=255) cGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACtt < 1:4713635/101‑1 (MQ=255) gtggtgAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTc < 1:11826441/101‑1 (MQ=255) ggtgAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTccc > 1:2536844/1‑101 (MQ=255) ggtgAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTccc < 1:11200067/101‑1 (MQ=255) gtgAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTcccc < 1:6750779/101‑1 (MQ=255) 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gttgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGa > 1:1563494/1‑101 (MQ=255) tgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGAtt < 1:2575880/101‑1 (MQ=255) gcggcgGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTg < 1:4976897/101‑1 (MQ=255) gcggcgGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTg < 1:12416799/101‑1 (MQ=255) cggcTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCt < 1:14834785/101‑1 (MQ=255) cggcTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCt > 1:10463472/1‑101 (MQ=255) ggcTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTc > 1:14756186/1‑101 (MQ=255) 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aaaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGtt > 1:3797464/1‑101 (MQ=255) aaaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGtt < 1:8069158/101‑1 (MQ=255) aaaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGtt > 1:1504726/1‑101 (MQ=255) aCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGa < 1:10502320/101‑1 (MQ=255) cGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGAt < 1:13203338/101‑1 (MQ=255) cGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGAt < 1:4907678/101‑1 (MQ=255) gCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATg < 1:5681719/101‑1 (MQ=255) gCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATg > 1:201707/1‑101 (MQ=255) gCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATg > 1:12534073/1‑101 (MQ=255) tCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTa < 1:2783264/101‑1 (MQ=255) cGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTAc < 1:2726287/101‑1 (MQ=255) gTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACg > 1:9130728/1‑101 (MQ=255) gTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACg > 1:14984401/1‑101 (MQ=255) gTAATGCCCCAAGTCCAGGTCGGTTTCTGCACCGTCTTCGGTGACGAAGACCTCGCCGTGCTGGAAGGGGTTCATNGTGCCCGGGTCCACATTGAGGTACg > 1:8663014/1‑101 (MQ=255) 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cccAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAg < 1:5030592/101‑1 (MQ=255) ccaggtccaggtCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGt > 1:10368737/1‑101 (MQ=255) ggtccaggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTc > 1:5229227/1‑101 (MQ=255) | CCGCGGCGTTCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTC > NC_007779/2908006‑2908206 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |