| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 2,908,146 | T→C | 3.7% | E59E (GAA→GAG) | pyrG ← | CTP synthetase |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,908,146 | 0 | T→C | 3.7% | 18.6 ‑2.3 ‑0.4 | 271 | E59E (GAA→GAG) | pyrG | CTP synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (8/2): ref base (130/131): total (138/133) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.03e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.99e-01 | ||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
CCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTG > NC_007779/2908046‑2908246 | gtggtgAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTc > 1:10391052/1‑101 (MQ=255) ggtgAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTccc < 1:11200067/101‑1 (MQ=255) gtgAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTcccc < 1:11758214/101‑1 (MQ=255) gtgAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTcccc < 1:6750779/101‑1 (MQ=255) aGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCgtgt < 1:14508306/101‑1 (MQ=255) gttgttGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGtt < 1:8346205/101‑1 (MQ=255) ttgttgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTg < 1:342585/101‑1 (MQ=255) ttgttgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTg < 1:4841305/101‑1 (MQ=255) ttgttgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTg > 1:8787236/1‑101 (MQ=255) tgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGAtt < 1:2575880/101‑1 (MQ=255) gcggcgGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTg < 1:4976897/101‑1 (MQ=255) gcggcgGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTg < 1:9040227/101‑1 (MQ=255) ggcggcTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTggg > 1:14110824/1‑101 (MQ=255) gcggcTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGc > 1:10515909/1‑101 (MQ=255) cggcTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCt < 1:14834785/101‑1 (MQ=255) cggcTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCt > 1:10463472/1‑101 (MQ=255) ggcTCATGTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTc < 1:12022564/101‑1 (MQ=255) gcTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCa > 1:1128363/1‑101 (MQ=255) gcTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCa < 1:9512004/101‑1 (MQ=255) cTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCAt > 1:10333339/1‑101 (MQ=255) tCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATa > 1:13466703/1‑101 (MQ=255) tCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATa > 1:4507919/1‑101 (MQ=255) tCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATa > 1:2220822/1‑101 (MQ=255) cATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAg > 1:14931420/1‑101 (MQ=255) cATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAg > 1:1776402/1‑101 (MQ=255) cATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAg > 1:2678281/1‑101 (MQ=255) aTTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGt > 1:13875889/1‑101 (MQ=255) aTTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGt > 1:12370743/1‑101 (MQ=255) tttGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTAc > 1:13185524/1‑101 (MQ=255) aCGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGAt < 1:14377720/101‑1 (MQ=255) cGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGAtt > 1:13622605/1‑100 (MQ=255) gaggAAGCGCTCGTAATGCCCCAAGTCCAGGTCGGTTTCTGCACCGTCTTCGGTGACGAAGACCTCGCCGTGCTGGAAGGGGTTCATGGTGCCCGGGTcca > 1:251951/4‑99 (MQ=255) aTGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGAc > 1:817763/1‑101 (MQ=255) tGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACg < 1:12560929/101‑1 (MQ=255) 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cGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGAt < 1:3550258/101‑1 (MQ=255) gCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATg > 1:12534073/1‑101 (MQ=255) cTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGt > 1:1010630/1‑101 (MQ=255) tCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTGCCTGGATCGACGTTGATGTa < 1:10263664/101‑1 (MQ=255) tCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTa < 1:2783264/101‑1 (MQ=255) gTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACg > 1:52283/1‑101 (MQ=255) gTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACg > 1:14984401/1‑101 (MQ=255) taatGCCCCAAGTCCAGGTCGGTTTCTGCACCGTCTTCGGTGACGAAGACCTCGCCGTGCTGGAAGGGGTTCATGGTGCCCGGGTCCACATTGAGGTACgg < 1:3260197/98‑1 (MQ=255) tAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACgg > 1:5810380/1‑101 (MQ=255) tAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACgg < 1:11933702/101‑1 (MQ=255) tAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACgg < 1:1811515/101‑1 (MQ=255) aGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGa > 1:7871291/1‑101 (MQ=255) aGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGa > 1:4645855/1‑101 (MQ=255) gTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGAt > 1:5240222/1‑101 (MQ=255) 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cTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCt < 1:14497194/101‑1 (MQ=255) ttCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTg < 1:3188138/101‑1 (MQ=255) ttCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTg > 1:1340853/1‑101 (MQ=255) | CCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTG > NC_007779/2908046‑2908246 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |