| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,441,352 | A→G | 10.9% | V257V (GTA→GTG) | thiC → | thiamin (pyrimidine moiety) biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,441,352 | 0 | A→G | 10.9% | 71.8 ‑1.1 ‑0.5 | 257 | V257V (GTA→GTG) | thiC | thiamin (pyrimidine moiety) biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (12/16): ref base (123/106): total (135/122) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.19e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 2.93e-01 | ||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
AGCCGATGATTATTGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGA > NC_007779/3441252‑3441452 | gCCGATGATTATTGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTAt < 1:2486087/101‑1 (MQ=255) cGATGATTATTGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATgg > 1:5890168/1‑101 (MQ=255) gatgatTATTGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGt > 1:1306435/1‑101 (MQ=255) atgatTATTGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTc > 1:7372565/1‑101 (MQ=255) tgatTATTGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTcc < 1:1302640/101‑1 (MQ=255) tgatTATTGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTcc > 1:3985554/1‑101 (MQ=255) tattGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCAcgc < 1:730515/101‑1 (MQ=255) ttGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACgcgc < 1:10302773/101‑1 (MQ=255) ttGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACgcgc > 1:2103478/1‑101 (MQ=255) ttGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACgcgc < 1:6378153/101‑1 (MQ=255) tGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCt > 1:13014058/1‑101 (MQ=255) tCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTggg < 1:9347521/101‑1 (MQ=255) tCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTggg > 1:2335528/1‑101 (MQ=255) cGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTgggg < 1:4328752/101‑1 (MQ=255) cGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTgggg < 1:3252196/101‑1 (MQ=255) gCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGa < 1:15111426/101‑1 (MQ=255) aaTTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGc > 1:3574916/1‑101 (MQ=255) aaTTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGc > 1:5958222/1‑101 (MQ=255) ttCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGa > 1:12692872/1‑101 (MQ=255) ttCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGa < 1:4642579/101‑1 (MQ=255) tCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGAt > 1:10057309/1‑101 (MQ=255) tGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACg < 1:11125850/101‑1 (MQ=255) ggTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACgg < 1:8638510/101‑1 (MQ=255) gTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGt > 1:6222997/1‑101 (MQ=255) gTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGt < 1:9883647/101‑1 (MQ=255) tAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTg < 1:13558903/101‑1 (MQ=255) tAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTg < 1:8525056/101‑1 (MQ=255) aaaGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGAt > 1:13879587/1‑101 (MQ=255) aGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATgg > 1:12284735/1‑101 (MQ=255) aGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATgg < 1:5352720/101‑1 (MQ=255) gTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATggc < 1:14472228/101‑2 (MQ=255) gTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGa > 1:410811/1‑101 (MQ=255) gTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGCGAGCGGATACGGTGATGGa > 1:1384494/1‑101 (MQ=255) ttAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAt < 1:3141284/101‑1 (MQ=255) tAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAtc < 1:6683208/101‑1 (MQ=255) tAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAtc > 1:4891845/1‑101 (MQ=255) aaCGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAtct < 1:9260622/101‑1 (MQ=255) aaCGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAtct > 1:345562/1‑101 (MQ=255) cGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAtctct < 1:9651994/101‑1 (MQ=255) ccAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTcc > 1:9201874/1‑101 (MQ=255) ccAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTcc > 1:2593022/1‑101 (MQ=255) ccAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCT‑GGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCa < 1:2938059/101‑1 (MQ=255) cAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCa > 1:14285102/1‑101 (MQ=255) tatCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGGAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCg > 1:11899307/1‑101 (MQ=255) atCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCgg > 1:1984313/1‑101 (MQ=255) tCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGt < 1:5226558/101‑1 (MQ=255) gCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGc < 1:4547590/101‑1 (MQ=255) cAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCt > 1:14687466/1‑101 (MQ=255) aCTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCtat > 1:13281582/1‑101 (MQ=255) tCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTatat > 1:11546967/1‑101 (MQ=255) cggcggTCCCCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATCCGGTGAT‑GATCTCTCCACCGGTCGCTATATTc < 1:8959165/101‑1 (MQ=255) cggcggTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATAtt < 1:4027840/101‑1 (MQ=255) cggcggTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATAtt > 1:6474953/1‑101 (MQ=255) ggcggTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTc < 1:13447622/101‑1 (MQ=255) gcggTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCa > 1:2672980/1‑101 (MQ=255) ggTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACg < 1:7206740/101‑1 (MQ=255) ggTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACg < 1:15079917/101‑1 (MQ=255) cACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGaaa > 1:13191393/1‑101 (MQ=255) aCCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAAc > 1:5502321/1‑101 (MQ=255) ctctTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAAccc < 1:5326687/101‑1 (MQ=255) ctTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCcgc < 1:7646994/101‑1 (MQ=255) ctTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCcgc < 1:11108618/101‑1 (MQ=255) ttCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCcgcg > 1:3050298/1‑101 (MQ=255) ccatctccgaagaggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAg < 1:15205231/93‑1 (MQ=255) ccATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAg > 1:13655026/1‑101 (MQ=255) aTCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTg > 1:3828124/1‑101 (MQ=255) tctccgaagaggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTgg < 1:4985198/96‑1 (MQ=255) ctccgaagaggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGa > 1:11359460/5‑101 (MQ=255) cGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGa > 1:8314000/1‑101 (MQ=255) 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aaaGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGcc < 1:6995050/101‑1 (MQ=255) agatGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTAACTCCCCg < 1:6860804/98‑1 (MQ=255) aGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCg < 1:7842378/101‑1 (MQ=255) cTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGt < 1:6795189/101‑1 (MQ=255) cTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGt > 1:14773773/1‑101 (MQ=255) cTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGt < 1:12428216/101‑1 (MQ=255) tGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTg > 1:2751262/1‑101 (MQ=255) gTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGcc < 1:8303005/101‑1 (MQ=255) aTGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGa > 1:8789647/1‑101 (MQ=255) aTGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGa < 1:12252232/101‑1 (MQ=255) | AGCCGATGATTATTGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGA > NC_007779/3441252‑3441452 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |