| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,682,560 | T→A | 8.1% | Q215L (CAG→CTG) | ilvD ← | dihydroxyacid dehydratase |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,682,560 | 0 | T→A | 8.1% | 57.8 ‑0.4 ‑0.9 | 247 | Q215L (CAG→CTG) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (12/8): ref base (123/104): total (135/112) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.48e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.19e-01 | ||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
CTCGTAATAACGTTTGGTCAATTCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACATCCCGGAGCAGGAACCGCAGGTCGGACACGCGGAACGTTCAACCTGAT > NC_007779/3682460‑3682659 | cTCGTAATAACGTTTGGTCAATTCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCt < 1:4013826/101‑1 (MQ=255)cTCGTAATAACGTTTGGTCAATTCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCt < 1:8541118/101‑1 (MQ=255) gTAATAACGTTTGGTCAATTCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCg > 1:12508070/1‑101 (MQ=255) aataaCGTTTGGTCAATTCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGAc > 1:10022406/1‑101 (MQ=255) taaCGTTTGGTCAATTCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAg > 1:6380064/1‑101 (MQ=255) taaCGTTTGGTCAATTCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAg < 1:11405361/101‑1 (MQ=255) cGTTTGGTCAATTCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGcc < 1:4740498/101‑1 (MQ=255) cGTTTGGTCAATTCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGcc < 1:6759922/101‑1 (MQ=255) gTTTGGTCAATTCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGccc > 1:10568382/1‑101 (MQ=255) tttGGTCAATTCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCa < 1:863686/101‑1 (MQ=255) ttGGTCAATTCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAg > 1:10833108/1‑101 (MQ=255) gTCAATTCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAgcgc > 1:8524802/1‑101 (MQ=255) gTCAATTCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAgcgc > 1:1251846/1‑101 (MQ=255) aaTTCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTc > 1:1157257/1‑101 (MQ=255) ttCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCgg > 1:14884786/1‑101 (MQ=255) ttCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCgg > 1:10237739/1‑101 (MQ=255) aacaaTGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCa > 1:13452780/1‑101 (MQ=255) aacaaTGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCa > 1:6286773/1‑101 (MQ=255) acaaTGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAg < 1:14008504/101‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGc < 1:14914268/101‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGc < 1:7127904/101‑1 (MQ=255) tGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAg < 1:7536232/101‑1 (MQ=255) tGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAg > 1:55864/1‑101 (MQ=255) gCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGt < 1:588074/101‑1 (MQ=255) gCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGt > 1:11068204/1‑101 (MQ=255) cGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGtt > 1:1138648/1‑101 (MQ=255) tttACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGTGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCa > 1:13586405/1‑101 (MQ=255) tttACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCa > 1:347748/1‑101 (MQ=255) ttACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCAt > 1:508254/1‑101 (MQ=255) tACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCAtt < 1:7839618/101‑1 (MQ=255) aCCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGTCGTGGGTTGCCAGGAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTg < 1:9686408/101‑1 (MQ=255) aCCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTg > 1:14362612/1‑101 (MQ=255) ccAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGa < 1:2422331/101‑1 (MQ=255) ccAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGa > 1:1348046/1‑101 (MQ=255) cAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAg > 1:8080010/1‑101 (MQ=255) aGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGt > 1:6053703/1‑101 (MQ=255) cATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTa > 1:6998266/1‑101 (MQ=255) aTTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAg > 1:4868644/1‑101 (MQ=255) ttAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGc > 1:10115414/1‑101 (MQ=255) aaGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCgg < 1:2730842/101‑1 (MQ=255) aGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGt > 1:9595504/1‑101 (MQ=255) ggAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTa > 1:10031639/1‑101 (MQ=255) ggAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTa < 1:2838346/101‑1 (MQ=255) ggAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTa > 1:2652997/1‑101 (MQ=255) gAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGTGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTaa > 1:3719472/1‑101 (MQ=255) gAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTaa < 1:5118359/101‑1 (MQ=255) aaCAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTaaa < 1:6123959/101‑1 (MQ=255) aCAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAAc > 1:6220911/1‑101 (MQ=255) aCAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAAc < 1:1629769/101‑1 (MQ=255) cAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACa > 1:14236821/1‑101 (MQ=255) cAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACa > 1:9191031/1‑101 (MQ=255) aGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACAt > 1:11699955/1‑101 (MQ=255) aGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACAt < 1:8362831/101‑1 (MQ=255) gctgctTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACATc < 1:3964345/101‑1 (MQ=255) ctgctTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACATcc > 1:2223007/1‑101 (MQ=255) 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ggCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACATCCCGGAGCAGGAAc > 1:7439562/1‑101 (MQ=255) gCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACATCCCGGAGCAGGAAcc > 1:12606968/1‑101 (MQ=255) gTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACATCCCGGAGCAGGAACCGc > 1:5308069/1‑101 (MQ=255) gTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACATCCCGGAGCAGGAACCGc < 1:5430184/101‑1 (MQ=255) gTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACATCCCGGAGCAGGAACCGc > 1:93923/1‑101 (MQ=255) tGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACATCCCGGAGCAGGAACCGCa < 1:14788132/101‑1 (MQ=255) gggTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACATCCCGGAGCAGGAACCGCAg > 1:1760959/1‑101 (MQ=255) 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< 1:13858283/101‑1 (MQ=255) cTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACATCCCGGAGCAGGAACCGCAGGTCGGACACGCGGAACGTTCAACCTGAt > 1:5149008/1‑101 (MQ=255) cTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACATCCCGGAGCAGGAACCGCAGGTCGGACACGCGGAACGTTCAACCTGAt < 1:14448864/101‑1 (MQ=255) | CTCGTAATAACGTTTGGTCAATTCAACAATGCGTTTACCAGCATTAAGGAACAGCTGCTTACGGTCGGCGTGGGTTGCCAGCAGCGAGCCGTTGCCCGGCTGCGACAGGCCCAGCGCTTCGGTCAGGCAGTTCATTGAGTTAGCGGTAAACATCCCGGAGCAGGAACCGCAGGTCGGACACGCGGAACGTTCAACCTGAT > NC_007779/3682460‑3682659 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |