Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 3,717,925 | G→A | 10.4% | V368I (GTT→ATT) | atpA → | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase subunit alpha |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 3,717,925 | 0 | G→A | 10.4% | 65.6 ‑4.1 0.0 | 269 | V368I (GTT→ATT) | atpA | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (7/21): ref base (118/123): total (125/144) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.69e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
GGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCG > NC_007779/3717825‑3718025 | gggTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCgg > 1:4276893/1‑101 (MQ=255) ggTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGt < 1:3097121/101‑1 (MQ=255) gTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGtt < 1:3234685/101‑1 (MQ=255) gTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGtt > 1:4053724/1‑101 (MQ=255) gACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTaa < 1:225679/101‑1 (MQ=255) gACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTaa > 1:9264124/1‑101 (MQ=255) gACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTaa < 1:13861383/101‑1 (MQ=255) gACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTaa < 1:12374917/101‑1 (MQ=255) aCGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAAc < 1:13599240/101‑1 (MQ=255) gCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTAt > 1:3903618/1‑101 (MQ=255) gttcgttcCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTAttt > 1:13763783/1‑101 (MQ=255) ttcgttcCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTc > 1:8997687/1‑101 (MQ=255) ttcgttcCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTc > 1:7377826/1‑101 (MQ=255) ccGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATc < 1:13300819/101‑1 (MQ=255) ccAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCgt < 1:5151652/101‑1 (MQ=255) ccAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCgt < 1:7130840/101‑1 (MQ=255) cAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCgtg < 1:10031988/101‑1 (MQ=255) aCGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGtt < 1:2360730/101‑1 (MQ=255) aCGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGtt < 1:1443563/101‑1 (MQ=255) cGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTtg > 1:14767130/1‑101 (MQ=255) gTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTtgg > 1:8310241/1‑101 (MQ=255) aaTCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTtggtg < 1:11827189/101‑1 (MQ=255) aTCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTtggtgg < 1:12231889/101‑1 (MQ=255) tctcCATTACCGATGGTCAGATCTTCCAGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTggtggt < 1:1611536/101‑1 (MQ=255) tcCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTgc < 1:9367293/101‑1 (MQ=255) tcCATTACCGACGGCCAGGTCTTCCTCGAGTCCGACCTGTTCAACCAGGGTGTCCGCCCGGCTATTAACGTCGGTGTGTCGGTTTCCCGTGTTGGTGGTgc < 1:5405272/101‑1 (MQ=255) ccATTACCGACGGCCAGGTCTTCCTCGAGTCCGACCTGTTCAACCAGGGTGTCCGCCCGGCTATTAACGTCGGTGTGTCGGTTTCCCGTGTTGGTGGTgcc < 1:10924337/101‑2 (MQ=255) 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aCCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGcaca < 1:14239343/101‑1 (MQ=255) aCCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGcaca < 1:8654961/101‑1 (MQ=255) ccGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAg < 1:9422656/101‑1 (MQ=255) ccGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAg < 1:2062805/101‑1 (MQ=255) ccGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAg < 1:4705484/101‑1 (MQ=255) gATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGAc < 1:11609459/101‑1 (MQ=255) aTGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGAcc > 1:4410619/1‑101 (MQ=255) aTGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGAcc > 1:9879889/1‑101 (MQ=255) ggccAGGTCTTCCTCGAGTCCGACCTGTTCAACCAGGGTGTCCGCCCGGCTATTAACGTCGGTGTGTCGGTTTCCCGTGTTGGTGGTGCCGCACAGACCaa < 1:14091126/98‑1 (MQ=255) ggTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCaa < 1:3005253/101‑1 (MQ=255) tCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGa < 1:13419201/101‑1 (MQ=255) ccAGGTCTTCCTCGAGTCCGACCTGTTCAACCAGGGTGTCCGCCCGGCTATTAACGTCGGTGTGTCGGTTTCCCGTGTTGGTGGTGCCGCACAGACCAAgg < 1:5910110/100‑2 (MQ=255) cAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGAt < 1:11284511/101‑1 (MQ=255) cAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGAt > 1:7544380/1‑101 (MQ=255) aGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATc > 1:2886654/1‑101 (MQ=255) gATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCa < 1:1883130/101‑1 (MQ=255) gtgttCCTCGAGTCCGACCTGTTCAACCAGGGTGTCCGCCCGGCTATTAACGTCGGTGTGTCGGTTTCCCGTGTTGGTGGTGCTGCACAGACCAAgggtat < 1:5735445/98‑6 (MQ=255) aTCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCAt < 1:6859201/101‑1 (MQ=255) aTCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCAt < 1:346920/101‑1 (MQ=255) cTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGaaaaa < 1:6170419/101‑1 (MQ=255) cTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGaaaaa < 1:1578947/101‑1 (MQ=255) 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aaccTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCgg > 1:9633702/1‑101 (MQ=255) aaccTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCgg < 1:6262811/101‑1 (MQ=255) ccTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggtg > 1:2607899/1‑101 (MQ=255) cTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggtgg > 1:1960976/1‑101 (MQ=255) tGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggtggt < 1:2495330/101‑1 (MQ=255) tGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggnggt < 1:10588605/101‑1 (MQ=255) gTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTa < 1:8595158/101‑1 (MQ=255) 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gCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTAc < 1:3676494/101‑1 (MQ=255) gCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTAc > 1:6333320/1‑101 (MQ=255) ccGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTAcc < 1:1102515/101‑1 (MQ=255) cGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCg > 1:6411623/1‑101 (MQ=255) cGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCg > 1:12025570/1‑101 (MQ=255) cGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCg > 1:10442485/1‑101 (MQ=255) gTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGct < 1:9773335/101‑1 (MQ=255) 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tGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGt > 1:4977354/1‑101 (MQ=255) tGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGt > 1:7249304/1‑101 (MQ=255) gCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTa > 1:11540230/1‑101 (MQ=255) gCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACAAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTa > 1:1114029/1‑101 (MQ=255) cGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTAt > 1:13712093/1‑101 (MQ=255) ggTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATc > 1:4521953/1‑101 (MQ=255) ggTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATc < 1:12623989/101‑1 (MQ=255) ggTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATc < 1:12965410/101‑1 (MQ=255) ggTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATc > 1:1711965/1‑101 (MQ=255) gTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCg < 1:4651950/101‑1 (MQ=255) | GGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCG > NC_007779/3717825‑3718025 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |