Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 3,717,933 | G→C | 10.0% | P370P (CCG→CCC) | atpA → | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase subunit alpha |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 3,717,933 | 0 | G→C | 10.0% | 75.3 ‑4.7 ‑0.0 | 280 | P370P (CCG→CCC) | atpA | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (7/21): ref base (130/121): total (137/143) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.89e-03 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
TTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAACTG > NC_007779/3717833‑3718032 | tttCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCg < 1:213451/101‑1 (MQ=255) tttCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCg > 1:5382748/1‑101 (MQ=255) tGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTa > 1:1832001/1‑101 (MQ=255) gttcgttcCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTAttt > 1:13763783/1‑101 (MQ=255) ttcgttcCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTc > 1:5147977/1‑101 (MQ=255) cgttcCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCg > 1:5905926/1‑101 (MQ=255) gttcCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGt > 1:9367566/1‑101 (MQ=255) gttcCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGt > 1:2583772/1‑101 (MQ=255) ttcCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTa > 1:12040643/1‑101 (MQ=255) ccGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATc < 1:13300819/101‑1 (MQ=255) cGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATcc < 1:1950547/101‑1 (MQ=255) cGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATcc > 1:11382731/1‑101 (MQ=255) aCCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCg > 1:11091218/1‑101 (MQ=255) cAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCgtg < 1:10031988/101‑1 (MQ=255) aCGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGtt < 1:2360730/101‑1 (MQ=255) aCGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGtt < 1:1443563/101‑1 (MQ=255) aCGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGtt < 1:12710338/101‑1 (MQ=255) cGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTtg > 1:334160/1‑101 (MQ=255) gTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTtgg > 1:8310241/1‑101 (MQ=255) aTCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTtggtgg < 1:12231889/101‑1 (MQ=255) 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aaccTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCgg > 1:9633702/1‑101 (MQ=255) accTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggt < 1:9121796/101‑1 (MQ=255) accTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggt < 1:10394595/101‑1 (MQ=255) ccTGTTCAACCAGGGTGTCCGCCCGGCTATTAACGTCGGTGTGTCGGTTTCCCGTGTTGGTGGTGCCGCACAGACCAAGGGCATGAAGAAGGTTTCCggta < 1:13529403/101‑2 (MQ=255) cTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCTGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggtgg < 1:12444932/101‑1 (MQ=255) tGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggtggt > 1:1114476/1‑101 (MQ=255) tGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggtggt < 1:1028683/101‑1 (MQ=255) 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ggTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATc > 1:9237108/1‑101 (MQ=255) ggTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATc < 1:4704730/101‑1 (MQ=255) ggTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATc > 1:10560218/1‑101 (MQ=255) ggTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATc > 1:4521953/1‑101 (MQ=255) gTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCg < 1:168546/101‑1 (MQ=255) gTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCg < 1:4651950/101‑1 (MQ=255) ttAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGt < 1:11945474/101‑1 (MQ=255) tAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTg > 1:2437605/1‑101 (MQ=255) tAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTg > 1:2263654/1‑101 (MQ=255) aCCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGaa > 1:11661852/1‑101 (MQ=255) aCCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGaa > 1:7026490/1‑101 (MQ=255) aCCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGaa > 1:1467624/1‑101 (MQ=255) aCCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGaa > 1:5555766/1‑101 (MQ=255) cccGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAAc < 1:9314217/101‑1 (MQ=255) ccGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAACt > 1:10608130/1‑101 (MQ=255) ccGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAACt > 1:7376956/1‑101 (MQ=255) cGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAACTg > 1:3179070/1‑101 (MQ=255) | TTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAACTG > NC_007779/3717833‑3718032 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |