| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,717,937 | A→G | 10.2% | I372V (ATT→GTT) | atpA → | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,717,937 | 0 | A→G | 10.2% | 71.1 ‑4.6 ‑0.2 | 284 | I372V (ATT→GTT) | atpA | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (7/22): ref base (128/127): total (135/149) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 9.93e-03 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.96e-01 | ||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
TGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAACTGGCAGC > NC_007779/3717837‑3718037 | tGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTa > 1:1374475/1‑101 (MQ=255) gCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTAt > 1:3903618/1‑101 (MQ=255) gCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTAt < 1:6536609/101‑1 (MQ=255) gttcCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGt > 1:2583772/1‑101 (MQ=255) ttcCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTa > 1:12040643/1‑101 (MQ=255) ccGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATc < 1:13300819/101‑1 (MQ=255) cGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATcc > 1:11382731/1‑101 (MQ=255) aCCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCg > 1:11091218/1‑101 (MQ=255) cAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCgtg < 1:10031988/101‑1 (MQ=255) aCGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGtt < 1:1443563/101‑1 (MQ=255) aCGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGtt < 1:2360730/101‑1 (MQ=255) aCGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGtt < 1:12710338/101‑1 (MQ=255) cGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTtg < 1:7522228/101‑1 (MQ=255) cGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTtg > 1:8810048/1‑101 (MQ=255) cGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTtg > 1:334160/1‑101 (MQ=255) aaTCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTtggtg > 1:8746498/1‑101 (MQ=255) aaTCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTtggtg > 1:6024343/1‑101 (MQ=255) aTCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTtggtgg < 1:12231889/101‑1 (MQ=255) tctcCATTACCGATGGTCAGATCTTCCAGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTggtggt < 1:1611536/101‑1 (MQ=255) tcCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTgc < 1:9367293/101‑1 (MQ=255) ccATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTgca > 1:894939/1‑101 (MQ=255) ccATTACCGACGGCCAGGTCTTCCTCGAGTCCGACCTGTTCAACCAGGGTGTCCGCCCGGCTATTAACGTCGGTGTGTCGGTTTCCCGTGTTGGTGGTgcc < 1:713253/101‑2 (MQ=255) ccATTACCGACGGCCAGGTCTTCCTCGAGTCCGACCTGTTCAACCAGGGTGTCCGCCCGGCTATTAACGTCGGTGTGTCGGTTTCCCGTGTTGGTGGTgcc < 1:10924337/101‑2 (MQ=255) cATTACCGACGGCCAGGTCTTCCTCGAGTCCGACCTGTTCAACCAGGGTGTCCGCCCGGCTATTAACGTCGGTGTGTCGGTTTCCCGTGTTGGTGGTgccg > 1:4331110/1‑99 (MQ=255) tACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGcac < 1:11760296/101‑1 (MQ=255) tACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGcac > 1:177298/1‑101 (MQ=255) aCCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGcaca < 1:14239343/101‑1 (MQ=255) ccGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAg < 1:9422656/101‑1 (MQ=255) ccGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAg < 1:2062805/101‑1 (MQ=255) gATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGAc > 1:4615850/1‑101 (MQ=255) gATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGAc < 1:11609459/101‑1 (MQ=255) aTGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGAcc > 1:4410619/1‑101 (MQ=255) aTGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGAcc > 1:9879889/1‑101 (MQ=255) cggccAGGTCTTCCTCGAGTCCGACCTGTTCAACCAGGGTGTCCGCCCGGCTATTAACGTCGGTGTGTCGGTTTCCCGTGTTGGTGGTGCCGCACAGACCa > 1:5297224/5‑101 (MQ=255) ggccAGGTCTTCCTCGAGTCCGACCTGTTCAACCAGGGTGTCCGCCCGGCTATTAACGTCGGTGTGTCGGTTTCCCGTGTTGGTGGTGCCGCACAGACCaa < 1:14091126/98‑1 (MQ=255) gTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAg < 1:3693200/101‑1 (MQ=255) tCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGa < 1:2216343/101‑1 (MQ=255) tCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGa < 1:13419201/101‑1 (MQ=255) tCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGa < 1:3663862/101‑1 (MQ=255) aGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATc > 1:6447826/1‑101 (MQ=255) aGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATc > 1:6179721/1‑101 (MQ=255) 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ggAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAAc > 1:1366423/1‑101 (MQ=255) gAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACt < 1:2818055/101‑1 (MQ=255) ccaaccTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTcc < 1:1073504/101‑1 (MQ=255) caaccTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCg > 1:9125352/1‑101 (MQ=255) caaccTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCg > 1:4144510/1‑101 (MQ=255) gaccTGTTCAACCAGGGTGTCCGCCCGGCTATTAACGTCGGTGTGTCGGTTTCCCGTGTTGGTGGTGCCGCACAGACCAAGGGCATGAAGAAGGTTTCCgg < 1:5620842/100‑1 (MQ=255) aaccTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCgg > 1:6691856/1‑101 (MQ=255) accTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggt < 1:10394595/101‑1 (MQ=255) accTGTTCAACCAGGGTGTCCGCCCGGCTATTAACGTCGGTGTGTCGGTTTCCCGTGTTGGTGGTGCCGCACAGACCAAGGGCATGAAGAAGGTTTCCggt < 1:831158/101‑1 (MQ=255) cTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCTGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggtgg < 1:12444932/101‑1 (MQ=255) tGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggtggt < 1:1028683/101‑1 (MQ=255) tGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggtggt > 1:1114476/1‑101 (MQ=255) tGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggnggt < 1:10588605/101‑1 (MQ=255) gTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTa < 1:6898934/101‑1 (MQ=255) gTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTa < 1:8595158/101‑1 (MQ=255) tCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATc < 1:8631692/101‑1 (MQ=255) cAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATcc < 1:7990888/101‑1 (MQ=255) aCGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGt < 1:1488726/101‑1 (MQ=255) cGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTa > 1:4921709/1‑101 (MQ=255) gCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTAc > 1:6333320/1‑101 (MQ=255) gcGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTAcc < 1:1103880/100‑1 (MQ=255) 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aCCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGaa > 1:7026490/1‑101 (MQ=255) ccGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAACt < 1:7691906/101‑1 (MQ=255) ccGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAACt > 1:9585043/1‑101 (MQ=255) ccGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAACt > 1:7376956/1‑101 (MQ=255) ccGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAACt < 1:1643467/101‑1 (MQ=255) cGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAACTg > 1:3179070/1‑101 (MQ=255) ggTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAACTGGc < 1:1967848/101‑1 (MQ=255) gTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAACTGGCa < 1:4493586/101‑1 (MQ=255) aTTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAACTGGCAGc < 1:6410960/101‑1 (MQ=255) aTTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAACTGGCAGc < 1:5051445/101‑1 (MQ=255) | TGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCTGGCACAGTATCGTGAACTGGCAGC > NC_007779/3717837‑3718037 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |