| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 4,169,351 | G→A | 32.7% | V89I (GTT→ATT) | tufA → | protein chain elongation factor EF‑Tu |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,169,351 | 0 | G→A | 32.7% | 256.3 ‑2.5 ‑0.0 | 251 | V89I (GTT→ATT) | tufA | protein chain elongation factor EF‑Tu |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (35/47): ref base (93/76): total (128/123) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.02e-02 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.96e-01 | ||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
ACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTG > NC_007779/4169277‑4169449 | acTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCa < 1:15005058/101‑1 (MQ=32) acTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCa < 1:1294402/101‑1 (MQ=32) tctcgcACGTTGAGTACCAGACCGAGAAGCGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAg > 1:13853740/6‑101 (MQ=2) cTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAg < 1:14396565/101‑1 (MQ=32) cTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAg > 1:5176830/1‑101 (MQ=32) ttCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGa > 1:12979207/1‑101 (MQ=32) tctcACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGAt > 1:10068569/1‑101 (MQ=32) tctcACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGAt > 1:1961876/1‑101 (MQ=32) cACGTTGAGTACCAGACCGAGAAGCGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGa < 1:6982860/101‑1 (MQ=2) aCGTTGAGTACCAGACCGAGAAGCGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGAc < 1:595235/101‑1 (MQ=2) aCGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGAc < 1:7765867/101‑1 (MQ=32) cGTTGAGTACCAGACCGAGAAGCGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACg < 1:7050114/101‑1 (MQ=2) cGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACg < 1:9364111/101‑1 (MQ=32) gTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACgg > 1:11000151/1‑101 (MQ=32) tGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGgcg > 1:11589283/1‑101 (MQ=32) gAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGgcgc > 1:1848424/1‑101 (MQ=32) gAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGgcgc > 1:6506934/1‑101 (MQ=32) gAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGgcgc < 1:2531499/101‑1 (MQ=33) gAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGgcgc < 1:4724503/101‑1 (MQ=33) aaTACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGcgcg < 1:7889069/101‑1 (MQ=33) tACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGAt > 1:10734453/1‑101 (MQ=32) gACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCt < 1:8702668/101‑1 (MQ=33) gACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCt > 1:1515907/1‑101 (MQ=32) acacCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTg < 1:1318581/101‑1 (MQ=32) cacCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTgg < 1:3938322/101‑1 (MQ=33) acCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGGGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGt > 1:7698652/1‑101 (MQ=17) ccgagaagcGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGtt < 1:5658739/93‑2 (MQ=2) cccGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAg < 1:13099261/101‑1 (MQ=33) cccGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAg < 1:6082780/101‑1 (MQ=32) cgtcccGTCACTACGCACACGGAGGCTGC‑CCGGGGCACGCCGAGTATGTTAAAAGCAGGAACACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCTATCCTGGTATtt < 1:12259065/98‑1 (MQ=11) cGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGtt > 1:2872659/1‑101 (MQ=32) cGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGtt > 1:11973497/1‑101 (MQ=32) cccGTCACTACGCTCACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCCCCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtgct < 1:9428762/101‑1 (MQ=16) cccGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtgct < 1:14625415/101‑1 (MQ=33) ccGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtgctg < 1:1701984/101‑1 (MQ=33) cGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTcgccgc < 1:7647339/101‑1 (MQ=2) gTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTcgccgct < 1:4575807/101‑2 (MQ=2) gTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGGGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCg > 1:14767820/1‑101 (MQ=17) tCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTcgccgcta < 1:10832058/101‑3 (MQ=2) tCACTACGCTCACGTCGAC‑GCTCCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTcgccgcta > 1:2375042/1‑99 (MQ=2) tCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGa > 1:3265184/1‑101 (MQ=32) tCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGa < 1:2160975/101‑1 (MQ=32) tCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGa < 1:4117886/101‑1 (MQ=32) cACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTAc > 1:6611615/1‑101 (MQ=2) cACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTAc > 1:3047583/1‑101 (MQ=2) cACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGAc < 1:7730476/101‑1 (MQ=33) aCTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACt < 1:9757594/101‑1 (MQ=33) cTACGCACACGGAGCCTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGCTCCTGGTAGTTGCTGCGTCTg > 1:4749941/1‑101 (MQ=11) tACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGa < 1:11478389/101‑1 (MQ=33) tACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGa > 1:13863897/1‑101 (MQ=32) aCGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGAc < 1:14568876/101‑1 (MQ=32) cGCTCACGTCGACCCT‑CCCGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTTCTGCTCAGATGGACGGCCCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACg < 1:4441803/101‑1 (MQ=255) cGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTTCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACg < 1:9892082/101‑1 (MQ=17) cGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACg > 1:5829232/1‑101 (MQ=32) cacaCGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGc > 1:13501456/1‑101 (MQ=32) acacGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGcc < 1:13223283/101‑1 (MQ=33) cGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGa > 1:11264618/1‑101 (MQ=32) gTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGAt > 1:1532441/1‑101 (MQ=32) cgtcgacgctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGa < 1:8803745/91‑1 (MQ=2) gtcgacgctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGAt < 1:8655877/92‑1 (MQ=2) gtcgacgctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGAt < 1:737413/92‑1 (MQ=2) aGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGc > 1:8239467/1‑101 (MQ=32) gacgctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGcc > 1:14826170/7‑101 (MQ=2) cTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGc < 1:8099592/101‑1 (MQ=32) acgctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCg < 1:3981004/96‑1 (MQ=2) tGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCa < 1:160559/101‑1 (MQ=32) cgctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGc > 1:3356401/5‑101 (MQ=2) cgctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGc < 1:10624038/97‑1 (MQ=2) cgctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGc < 1:3471576/97‑1 (MQ=2) ctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAg < 1:5424388/99‑1 (MQ=2) c‑ccGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGCCTGACGGCCCGATGCCGCAGa > 1:10351083/1‑101 (MQ=17) ccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGAc > 1:13425921/1‑101 (MQ=2) cGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACt > 1:8299852/1‑101 (MQ=33) cGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACt < 1:6886410/101‑1 (MQ=32) ggggCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTc > 1:14375333/1‑101 (MQ=33) ggggCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTc > 1:9003203/1‑101 (MQ=33) gggcCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGAccc > 1:8897348/1‑99 (MQ=2) gggcCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGAccc < 1:7977227/101‑3 (MQ=2) ggccACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCg < 1:9038515/98‑1 (MQ=2) gccACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGt < 1:5316046/99‑1 (MQ=2) cACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGa > 1:11679969/1‑101 (MQ=33) cACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGa < 1:6451545/101‑1 (MQ=32) cACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGa < 1:5739016/101‑1 (MQ=32) cACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGa < 1:2253686/101‑1 (MQ=2) cACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGa > 1:6726272/1‑101 (MQ=11) cGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCGCGATGCCGCAGACTCGTGAGc < 1:9146298/101‑1 (MQ=17) gCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTGGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGca > 1:10469456/1‑101 (MQ=11) gCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGca < 1:11768235/101‑1 (MQ=11) ccGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGcac < 1:15118905/101‑1 (MQ=32) ccGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGcac > 1:9819412/1‑101 (MQ=11) ccGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGcac > 1:10250616/1‑101 (MQ=11) cGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGcaca > 1:8182143/1‑101 (MQ=33) cGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGcaca < 1:316660/101‑1 (MQ=32) gACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACAt > 1:14103921/1‑101 (MQ=32) aCTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATc > 1:12782230/1‑101 (MQ=33) aCTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATc < 1:3736387/101‑1 (MQ=32) cTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATcc > 1:6304721/1‑101 (MQ=32) cTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATcc > 1:5517339/1‑101 (MQ=33) cTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATcc > 1:3611306/1‑101 (MQ=33) aTGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCctg > 1:7254057/1‑101 (MQ=33) | ACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTG > NC_007779/4169277‑4169449 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |