| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 4,169,353 | T→C | 32.6% | V89V (GTT→GTC) | tufA → | protein chain elongation factor EF‑Tu |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,169,353 | 0 | T→C | 32.6% | 264.3 ‑2.5 ‑0.0 | 251 | V89V (GTT→GTC) | tufA | protein chain elongation factor EF‑Tu |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (35/47): ref base (93/76): total (128/123) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.02e-02 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.05e-01 | ||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
ACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGG > NC_007779/4169277‑4169453 | acacTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTgctgct < 1:3703372/101‑1 (MQ=11) acTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCa < 1:867658/101‑1 (MQ=32) acTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCa < 1:15005058/101‑1 (MQ=32) acTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCa < 1:1294402/101‑1 (MQ=32) cTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAg < 1:8152524/101‑1 (MQ=32) cTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAg > 1:5176830/1‑101 (MQ=32) cTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAg < 1:14396565/101‑1 (MQ=32) ttCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGa > 1:12979207/1‑101 (MQ=32) tctcACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGAt > 1:1961876/1‑101 (MQ=32) tctcACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGAt > 1:10068569/1‑101 (MQ=32) ctcACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATg > 1:14148978/1‑101 (MQ=32) cgcACGTTGAGTACCAGACCGAGAAGCGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATg < 1:226768/99‑1 (MQ=2) cACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGa > 1:2692155/1‑101 (MQ=32) aCGTTGAGTACCAGACCGAGAAGCGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGAc < 1:9177727/101‑1 (MQ=2) aCGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGAc < 1:7765867/101‑1 (MQ=32) tGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGgcg > 1:11589283/1‑101 (MQ=32) gAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGgcgc < 1:4724503/101‑1 (MQ=33) gAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGgcgc > 1:6506934/1‑101 (MQ=32) gAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGgcgc > 1:1848424/1‑101 (MQ=32) aaTACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGcgcg < 1:7889069/101‑1 (MQ=33) aTACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGa < 1:6030030/101‑1 (MQ=33) tACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGAt > 1:8774216/1‑101 (MQ=32) aCGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATc < 1:394968/101‑1 (MQ=32) gACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCt > 1:4083316/1‑101 (MQ=32) gACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCt > 1:1515907/1‑101 (MQ=32) acacCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTg > 1:5325538/1‑101 (MQ=32) acacCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTg < 1:1318581/101‑1 (MQ=32) acacCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTg > 1:8297756/1‑101 (MQ=32) cacCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTgg > 1:3190305/1‑101 (MQ=32) acCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGt > 1:7427824/1‑101 (MQ=32) cgagaagcGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGttg > 1:1363593/8‑99 (MQ=2) cccGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAg < 1:6082780/101‑1 (MQ=32) cccGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAg < 1:13099261/101‑1 (MQ=33) gagaagcGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGt > 1:3491071/7‑101 (MQ=2) cGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGtt > 1:11973497/1‑101 (MQ=32) gACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtg > 1:2904969/1‑101 (MQ=32) cccGTCACTACGCTCACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCCCCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtgct < 1:9428762/101‑1 (MQ=16) cccGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtgct < 1:14625415/101‑1 (MQ=33) agcGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTcgcc < 1:3834670/99‑2 (MQ=2) ccGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtgctg < 1:1701984/101‑1 (MQ=33) ccGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtgctg > 1:3285204/1‑101 (MQ=32) cGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTcgccgc < 1:7647339/101‑1 (MQ=2) gTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGGGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCg > 1:14767820/1‑101 (MQ=17) tCACTACGCTCACGTCGAC‑GCTCCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTcgccgcta > 1:2375042/1‑99 (MQ=2) tCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGa < 1:2160975/101‑1 (MQ=32) cACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTAc > 1:3047583/1‑101 (MQ=2) cACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTAc > 1:6611615/1‑101 (MQ=2) aCTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTAcc < 1:7733443/101‑2 (MQ=2) aCTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACt > 1:7010933/1‑101 (MQ=32) aCTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACt < 1:9757594/101‑1 (MQ=33) tACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGa > 1:13863897/1‑101 (MQ=32) cGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTTCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACg < 1:9892082/101‑1 (MQ=17) gCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACgg > 1:10831423/1‑101 (MQ=32) cacaCGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGc > 1:13501456/1‑101 (MQ=32) acacGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGcc < 1:13223283/101‑1 (MQ=33) acGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCg < 1:13333201/101‑1 (MQ=32) cGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGa > 1:11264618/1‑101 (MQ=32) gTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGAt > 1:1532441/1‑101 (MQ=32) cgtcgacgctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGa < 1:5616221/91‑1 (MQ=2) aGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGc > 1:8239467/1‑101 (MQ=32) gACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGcc < 1:1224751/101‑1 (MQ=32) gACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGcc > 1:4333837/1‑101 (MQ=32) gacgctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGcc < 1:8607436/95‑1 (MQ=2) gacgctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGcc > 1:14826170/7‑101 (MQ=2) cgctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGc < 1:5494464/97‑1 (MQ=2) cgctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGc > 1:5678265/5‑101 (MQ=2) cgctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGc < 1:10624038/97‑1 (MQ=2) ctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAg > 1:7061906/3‑101 (MQ=2) ctccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAg < 1:6815754/99‑1 (MQ=2) c‑ccGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGCCTGACGGCCCGATGCCGCAGa > 1:10351083/1‑101 (MQ=17) c‑ccGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGa > 1:11420732/1‑101 (MQ=32) c‑ccGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGa < 1:1644771/101‑1 (MQ=32) tccGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGa > 1:10931676/2‑101 (MQ=2) ccGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGAc > 1:8969343/1‑101 (MQ=32) cGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACt < 1:6886410/101‑1 (MQ=32) cGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGAcc > 1:4621724/1‑100 (MQ=2) gggcCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGAccc > 1:8897348/1‑99 (MQ=2) gggcCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGAccc < 1:7977227/101‑3 (MQ=2) ggccACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCg < 1:9038515/98‑1 (MQ=2) cACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGa > 1:11679969/1‑101 (MQ=33) cACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGa < 1:5739016/101‑1 (MQ=32) cACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGa < 1:6451545/101‑1 (MQ=32) cGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCGCGATGCCGCAGACTCGTGAGc < 1:9146298/101‑1 (MQ=17) gCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTGGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGca > 1:10469456/1‑101 (MQ=11) gCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGca < 1:11768235/101‑1 (MQ=11) gCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGca > 1:4463560/1‑101 (MQ=11) ccGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGcac < 1:15118905/101‑1 (MQ=32) ccGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGcac > 1:9819412/1‑101 (MQ=11) ccGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGcac > 1:10250616/1‑101 (MQ=11) ccGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGcac < 1:3383689/101‑1 (MQ=2) cGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGcacg > 1:5891127/1‑100 (MQ=11) gACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACAt > 1:14103921/1‑101 (MQ=32) aCTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATc > 1:12782230/1‑101 (MQ=33) cTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATcc > 1:4777584/1‑101 (MQ=33) cTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATcc > 1:6304721/1‑101 (MQ=32) tATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCct > 1:14530513/1‑101 (MQ=33) tATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCct < 1:772250/101‑1 (MQ=32) aTGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCctg > 1:7254057/1‑101 (MQ=33) tAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTgg > 1:8025117/1‑101 (MQ=33) tAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTgg > 1:10800620/1‑101 (MQ=33) | ACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGG > NC_007779/4169277‑4169453 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |