New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | = 400327 | 207 (0.880) | 3 (0.010) | 3/172 | NT | 1.5% | intergenic (‑180/‑283) | ddlA/yaiB | D‑alanine‑D‑alanine ligase A/hypothetical protein |
? | NC_007779 | = 575008 | NA (NA) | intergenic (‑32/‑1613) | insH/essD | IS5 transposase and trans‑activator/phage lysis protein |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
GTTGCAATCTTCTGCTGACAAAGCGTGCAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATAACTTTTATTTATAATAAAGGTTG > NC_007779/400227‑400427 | ttgCAATCTTCTGCTGACAAAGCGTGCAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAAt > 1:6449475/1‑101 (MQ=255) cttctGCTGACAAAGCGTGCAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTcc > 1:5502950/1‑101 (MQ=255) tctGCTGACAAAGCGTGCAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTg > 1:8918304/1‑101 (MQ=255) tctGCTGACAAAGCGTGCAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTg < 1:11449156/101‑1 (MQ=255) tctGCTGACAAAGCGTGCAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGACGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTg < 1:10076927/101‑1 (MQ=255) gctgACAAAGCGTGCAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCt < 1:2143235/101‑1 (MQ=255) gctgACAAAGCGTGCAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCt < 1:4517912/101‑1 (MQ=255) aaGCGTGCAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATgg > 1:7410153/1‑101 (MQ=255) cGTGCAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCa > 1:3017009/1‑101 (MQ=255) cGTGCAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCa < 1:6198811/101‑1 (MQ=255) gTGCAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCAt < 1:5764586/101‑1 (MQ=255) gTGCAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCAt < 1:6644935/101‑1 (MQ=255) gTGCAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCAt > 1:7240484/1‑101 (MQ=255) gCAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGc > 1:5399188/1‑101 (MQ=255) cAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCg > 1:5365054/1‑101 (MQ=255) cAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCg < 1:3770481/101‑1 (MQ=255) aaCGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCgg < 1:9829170/101‑1 (MQ=255) aaCGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCgg > 1:7045512/1‑101 (MQ=255) aCGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGt > 1:9420878/1‑101 (MQ=255) aCGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGt < 1:9180389/101‑1 (MQ=255) aCGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGt > 1:10528568/1‑101 (MQ=255) cGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTg < 1:10786785/101‑1 (MQ=255) gTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGa < 1:11520164/101‑1 (MQ=255) gTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGa < 1:6230999/101‑1 (MQ=255) cTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGtt > 1:7111078/1‑101 (MQ=255) cTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGtt < 1:8657339/101‑1 (MQ=255) tGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGttt < 1:10448645/101‑1 (MQ=255) ggTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGtttt > 1:1433316/1‑101 (MQ=255) gaagaaAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGttttttt < 1:9936815/101‑1 (MQ=255) gaagaaAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGttttttt > 1:9449015/1‑101 (MQ=255) aagaaAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTtc > 1:1618471/1‑101 (MQ=255) aaGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCtt < 1:25263/101‑1 (MQ=255) aaGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCtt < 1:2363907/101‑1 (MQ=255) aGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTa < 1:5025996/101‑1 (MQ=255) tGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAAt < 1:4474852/101‑1 (MQ=255) tGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAAt > 1:1885258/1‑101 (MQ=255) tGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAAt > 1:3678781/1‑101 (MQ=255) gCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAAtt < 1:11069033/101‑1 (MQ=255) cGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATta < 1:9746436/101‑1 (MQ=255) cGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATta < 1:7791616/101‑1 (MQ=255) cGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATta > 1:3221206/1‑101 (MQ=255) cGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATta > 1:6953448/1‑101 (MQ=255) gTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATtat > 1:10912302/1‑101 (MQ=255) ttATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATtata < 1:2867596/101‑1 (MQ=255) aTCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAg < 1:2229213/101‑1 (MQ=255) tctcAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGt > 1:2775077/1‑101 (MQ=255) ctcAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGtt > 1:9865921/1‑101 (MQ=255) ctcAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGtt < 1:6613032/101‑1 (MQ=255) ctcAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGtt > 1:11722662/1‑101 (MQ=255) ctcAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGtt > 1:3646877/1‑101 (MQ=255) ctcAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGtt < 1:2506763/101‑1 (MQ=255) cAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTaa < 1:8531379/101‑1 (MQ=255) aaGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACg < 1:4951273/101‑1 (MQ=255) aGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGa < 1:9661463/101‑1 (MQ=255) aGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGACCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGa > 1:5408642/1‑101 (MQ=255) 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caAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATa < 1:4689169/101‑1 (MQ=255) aaaaaTGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATaa < 1:9591894/101‑1 (MQ=255) aaaTGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATAACt > 1:11281913/1‑101 (MQ=255) aaTGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATAACtt < 1:10113988/101‑1 (MQ=255) atgatgAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATAACttt < 1:10029594/101‑1 (MQ=255) atgatgAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATAACttt < 1:7560834/101‑1 (MQ=255) tgatgaACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTTATAAAtttt > 1:11301192/1‑101 (MQ=255) 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tgaACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATAACTtttatt < 1:9266363/101‑1 (MQ=255) tgaACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATAACTtttatt < 1:812920/101‑1 (MQ=255) tgaACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATAACTtttatt > 1:3373664/1‑101 (MQ=255) gaACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATAACTtttattt > 1:5650283/1‑101 (MQ=255) aaCGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATAACTtttattta < 1:10166184/101‑1 (MQ=255) aaCGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGCTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATAACTtttattta > 1:7426473/1‑101 (MQ=255) aCGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATAACTTttatttat > 1:10858174/1‑101 (MQ=255) 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aaTTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATAACTTTTATTTATAATAAAGGtt > 1:11681224/1‑101 (MQ=255) aaTTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATAACTTTTATTTATAATAAAGGtt < 1:10618230/101‑1 (MQ=255) aaTTGATTCCTAGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATAACTTTTATTTATAATAAAGGtt > 1:11041408/1‑101 (MQ=255) | GTTGCAATCTTCTGCTGACAAAGCGTGCAACGTACTGGTGAAGAAAGTGCGTTATCTCAAAGATGTGCGCAAGATCACAAAAATGATGAACGGGAAGCTAATTTATTCCTGGCTTAAATGGCCATGCGGTGAGTTTTTTTCTCTTAATTATAAGTTAACGAAGAGAATATATTTCATAACTTTTATTTATAATAAAGGTTG > NC_007779/400227‑400427 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |