| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 4,546,535 | T→A | 100% | intergenic (+296/‑182) | fimB → / → fimE | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,546,535 | 0 | T→A | 100.0% | 1146.5 | 276 | intergenic (+296/‑182) | fimB/fimE | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (166/110): ref base (0/0): total (166/110) | ||||||||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
TACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCT > NC_007779/4546437‑4546632 | tACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGaatcaaaaca < 1:3434624/101‑1 (MQ=255)tACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGaatcaaaaca > 1:11110684/1‑101 (MQ=255)tACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGaatcaaaaca > 1:7061997/1‑101 (MQ=255) acacATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAatcaaaacaa > 1:1602945/1‑101 (MQ=255) cacaTCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAAACAAt > 1:8920581/1‑101 (MQ=255) acaTCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAAACAATg > 1:5058825/1‑101 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |