| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 2320794 = | NA (NA) | 235 (0.830) | 120/180 | NT | 99.6% | intergenic (+633/+11) | rcsB/insD | DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with RcsC and YojN/IS2 element protein |
| ? | NC_007779 | = 2589834 | 1 (0.000) | intergenic (+470/‑69) | acrD/yffB | aminoglycoside/multidrug efflux system/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 542 total aligned reads displayed.
ATAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAATTGTGA > NC_007779/2589735‑2589934 | aTAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATt > 1:7383892‑M2/1‑100 (MQ=255) tAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtg > 1:10548737‑M2/1‑99 (MQ=255) aaCAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtgg < 1:1902080‑M2/101‑4 (MQ=255) aCAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtgga > 1:9255762‑M2/1‑97 (MQ=255) aGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggattt > 1:3846647‑M2/1‑94 (MQ=255) aGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggattt > 1:5780254‑M2/1‑94 (MQ=255) tccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGc < 1:1259192‑M2/16‑1 (MQ=255) gAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgccc < 1:7667237‑M2/101‑12 (MQ=255) aaTATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccc > 1:11303394‑M2/1‑89 (MQ=255) tgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAAt < 1:6326088‑M2/21‑1 (MQ=255) gactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATg > 1:9729874‑M2/80‑101 (MQ=255) cTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatt < 1:10934437‑M2/101‑19 (MQ=255) actagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGt < 1:1201379‑M2/23‑1 (MQ=255) ctagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATgtg < 1:7868210‑M2/24‑2 (MQ=255) ctagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGtt < 1:4599170‑M2/24‑1 (MQ=255) agtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGtttt < 1:244976‑M2/26‑1 (MQ=255) agtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGtttt < 1:613201‑M2/26‑1 (MQ=255) aaTGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttcc < 1:2604249‑M2/101‑22 (MQ=255) aaTGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttcc < 1:13673385‑M2/101‑22 (MQ=255) tctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCa > 1:10002398‑M2/74‑101 (MQ=255) tctaaaaactagtattaagactatcacttaattaagtgatattngttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCa < 1:6649285‑M2/28‑1 (MQ=255) tGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccag > 1:6595648‑M2/1‑78 (MQ=255) tACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacat < 1:14095170‑M2/101‑28 (MQ=255) aactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTa > 1:8355086‑M2/68‑101 (MQ=255) tAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgtt < 1:7162792‑M2/101‑33 (MQ=255) aaaaaTGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgtta < 1:8561258‑M2/101‑34 (MQ=255) gtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGa > 1:5613248‑M2/63‑101 (MQ=255) aaaTGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatc > 1:11415000‑M2/1‑66 (MQ=255) attaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGt < 1:11963998‑M2/41‑1 (MQ=255) ttaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGta > 1:873086‑M2/60‑101 (MQ=255) taagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGtat > 1:10103798‑M2/59‑101 (MQ=255) gTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactt > 1:2793576‑M2/1‑62 (MQ=255) aagactatcacttatttaagtgatatttgttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGtatt < 1:12950304‑M2/44‑1 (MQ=255) agactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGtattt < 1:12796595‑M2/45‑1 (MQ=255) ttAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaa < 1:4800622‑M2/101‑42 (MQ=255) ttAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaa < 1:3519004‑M2/101‑42 (MQ=255) actatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGtatttat < 1:4421486‑M2/47‑1 (MQ=255) ctatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGtatttatt > 1:271985‑M2/54‑101 (MQ=255) tattatTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccca > 1:12291421‑M2/1‑56 (MQ=255) ttattTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatt < 1:1455147‑M2/101‑48 (MQ=255) cacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCa < 1:12481376‑M2/52‑1 (MQ=255) tattTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta < 1:4285212‑M2/101‑49 (MQ=255) tattTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta < 1:12168085‑M2/101‑49 (MQ=255) tattTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta < 1:9025843‑M2/101‑49 (MQ=255) cttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATa > 1:6881098‑M2/48‑101 (MQ=255) cttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATa < 1:9966642‑M2/54‑1 (MQ=255) cttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATa > 1:108865‑M2/48‑101 (MQ=255) tatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATaaa > 1:5635914‑M2/46‑101 (MQ=255) tatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATaaa < 1:8871115‑M2/56‑1 (MQ=255) tatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATaaa < 1:4712265‑M2/56‑1 (MQ=255) tttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATc < 1:9568769‑M2/58‑1 (MQ=255) ttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCg < 1:5226013‑M2/59‑1 (MQ=255) aTAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcc < 1:4905282‑M2/101‑55 (MQ=255) tAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagccc < 1:8444857‑M2/101‑56 (MQ=255) agtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGaaa > 1:7947649‑M2/40‑101 (MQ=255) ttgttAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgct > 1:13794904‑M2/1‑43 (MQ=255) ttgttAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgct > 1:1068358‑M2/1‑43 (MQ=255) tgttAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctg < 1:11542871‑M2/101‑60 (MQ=255) tgttAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctg > 1:9342841‑M2/1‑42 (MQ=255) tgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGaaaaa < 1:11057968‑M2/64‑1 (MQ=255) gttAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgc > 1:6203221‑M2/1‑41 (MQ=255) tattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGa > 1:2042621‑M2/35‑101 (MQ=255) ttggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGAtt > 1:11134612‑M2/33‑101 (MQ=255) tGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagat < 1:7495595‑M2/101‑68 (MQ=255) tGAATACTTCGATAATGTTATACTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagat < 1:8065447‑M2/101‑68 (MQ=255) ttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCAtt > 1:4122352‑M2/29‑101 (MQ=255) aaTACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatat > 1:4063097‑M2/1‑32 (MQ=255) ctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATgg > 1:7279713‑M2/25‑101 (MQ=255) ctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATgg > 1:13277399‑M2/25‑101 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |