| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | = 679374 | 243 (1.030) | 12 (0.050) | 12/180 | NT | 4.7% | coding (455/555 nt) | ybeT | outer membrane protein |
| ? | NC_007779 | 688273 = | NA (NA) | intergenic (‑104/+146) | gltI/insH | glutamate and aspartate transporter subunit/IS5 transposase and trans‑activator | |||||
Only 100 of 740 total aligned reads displayed.
TTAATGTGCGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTC > NC_007779/679274‑679474 | ctgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctattgctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTaa < 1:10125541‑M2/4‑1 (MQ=255)ctgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctcctgatgacaaacatgatctcatatcagggactttttcgcaccttccTTaa < 1:7932834‑M2/4‑1 (MQ=255)ctgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTaa > 1:4212924‑M2/98‑101 (MQ=255) tAATGTGCGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAAt > 1:11709251/1‑101 (MQ=255) gtcggcgaaggtacgttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATa < 1:7813468‑M2/6‑1 (MQ=255) gtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATa < 1:10047914‑M2/6‑1 (MQ=255) gtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATa > 1:10663101‑M2/96‑101 (MQ=255) aaTGTGCGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATa < 1:6272386/101‑1 (MQ=255) gCGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGa > 1:7699895/1‑101 (MQ=255) cgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGa < 1:8636786‑M2/11‑1 (MQ=255) cGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAg < 1:7173530/101‑1 (MQ=255) aaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGc > 1:5640983‑M2/89‑101 (MQ=255) aggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGcc > 1:9027256‑M2/88‑101 (MQ=255) taagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcataccagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCAtt > 1:1581273‑M2/85‑101 (MQ=255) aagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCAttt > 1:9093316‑M2/84‑101 (MQ=255) agttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTc < 1:2250583‑M2/19‑1 (MQ=255) ttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATTCCTGAGCCATTTCTg < 1:9584913‑M2/21‑1 (MQ=255) cGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTg < 1:3897069/101‑1 (MQ=255) ggCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGt < 1:1343861/101‑1 (MQ=255) tgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGa > 1:1025826‑M2/77‑101 (MQ=255) tgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGa > 1:2440173‑M2/77‑101 (MQ=255) gactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGAt < 1:5808333‑M2/26‑1 (MQ=255) gactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGAt < 1:4585688‑M2/26‑1 (MQ=255) ctcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCa > 1:480766‑M2/74‑101 (MQ=255) ctcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCa > 1:414767‑M2/74‑101 (MQ=255) cTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAAcc > 1:888435/1‑101 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTa > 1:3406968‑M2/68‑101 (MQ=255) tgaaccgtgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCGGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTaa < 1:1799545‑M2/35‑1 (MQ=255) tCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTaa > 1:8988598/1‑101 (MQ=255) tCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTaa > 1:3769956/1‑101 (MQ=255) gCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGt < 1:6748533/101‑1 (MQ=255) accctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGt > 1:7640392‑M2/64‑101 (MQ=255) cATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGta > 1:924759/1‑101 (MQ=255) cctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGtat < 1:5293207‑M2/40‑1 (MQ=255) cctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGtat < 1:1706655‑M2/40‑1 (MQ=255) aTTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGtat > 1:2632311/1‑101 (MQ=255) aTTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGtat > 1:7510534/1‑101 (MQ=255) ctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGtata > 1:8717369‑M2/61‑101 (MQ=255) ctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGtata < 1:3522393‑M2/41‑1 (MQ=255) ctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGtata < 1:11476454‑M2/41‑1 (MQ=255) tttGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATAtt > 1:2747272/1‑101 (MQ=255) ctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATtgag < 1:10394100‑M2/46‑1 (MQ=255) tAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTACTGTAGATCAAACCTAAAGTATATtgagc > 1:11605851/1‑101 (MQ=255) aTGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATtgagcat < 1:2095577/101‑1 (MQ=255) aTGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATtgagcat < 1:11181443/101‑1 (MQ=255) tgttgtTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATtgagcatg < 1:506772/101‑1 (MQ=255) gttgttTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATtgagcatga < 1:1524844/101‑1 (MQ=255) gttgttTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATtgagcatga > 1:6841835/1‑101 (MQ=255) tccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATtgagcatgagc > 1:7234808‑M2/49‑101 (MQ=255) ttGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATa > 1:364038/1‑101 (MQ=255) atgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATAcc > 1:6015987‑M2/44‑101 (MQ=255) atgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATAcc > 1:299216‑M2/44‑101 (MQ=255) tgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATAccc > 1:813349‑M2/43‑101 (MQ=255) cGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCt > 1:2328235/1‑101 (MQ=255) ggTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCtt > 1:3311390/1‑101 (MQ=255) acaaacatgatctcatatcagggtcttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCtt < 1:5535983‑M2/61‑1 (MQ=255) acaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCtt < 1:4375939‑M2/61‑1 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTg < 1:9352683‑M2/62‑1 (MQ=255) taGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGtt < 1:4942408/100‑1 (MQ=255) acatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTc < 1:622062‑M2/65‑1 (MQ=255) aGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTc > 1:9713192/1‑101 (MQ=255) atgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAg < 1:11349874‑M2/67‑1 (MQ=255) atgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAg < 1:11084095‑M2/67‑1 (MQ=255) tgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAgc > 1:5948308‑M2/34‑101 (MQ=255) gatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAgct > 1:878418‑M2/33‑101 (MQ=255) tAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAgctg < 1:3247085/101‑1 (MQ=255) tctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAgctgc > 1:10536460‑M2/31‑101 (MQ=255) aaCCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAgctgc > 1:9469200/1‑101 (MQ=255) ctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAgctgct < 1:10962856‑M2/72‑1 (MQ=255) ccATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCtt > 1:5118189/1‑101 (MQ=255) ccATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCtt > 1:9274825/1‑101 (MQ=255) ttGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTtat > 1:8509568/1‑101 (MQ=255) cagggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTtat > 1:9821514‑M2/23‑101 (MQ=255) agggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTtata > 1:8253137‑M2/22‑101 (MQ=255) agggacttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTtata < 1:10745813‑M2/80‑1 (MQ=255) cttgttcgcaccttccTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCaga > 1:11248421‑M2/17‑101 (MQ=255) 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ttAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGgt < 1:4762576/101‑1 (MQ=255) aaTACCTGAACCATTTCTGTAGATCATACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGgtgt > 1:3990495/1‑101 (MQ=255) aTACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTc > 1:1269633/1‑101 (MQ=255) | TTAATGTGCGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTC > NC_007779/679274‑679474 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |