New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | 1909344 = | 229 (0.980) | 30 (0.130) | 26/180 | NT | 11.6% | intergenic (‑39/+631) | yobF/yebO | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_007779 | = 2412225 | NA (NA) | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/aminotransferase |
CGTTGCATAAGTGTGCAAAAAAAGTGGAAGACGTATCGAGATTTGTGCGTCTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779/1909443‑1909344 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGT < NC_007779/2412225‑2412138 CGTTGCATAAGTGTGCAAAAAAAGTGGAAGACGTATCGAGATTTGTGCGTCTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGG < 1:7112620/101‑1 GCATAAGTGTGCAAAAAAAGTGGAAGACGTATCGAGATTTGTGCGTCTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGA < 1:1486168/101‑1 CATAAGTGTGCAAAAAAAGTGGAAGACGTATCGAGATTTGTGCGTCTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGAT > 1:7293328/1‑101 CATAAGTGTGCAAAAAAAGTGGAAGACGTATCGAGATTTGTGCGTCTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGAT > 1:2308817/1‑101 CATAAGTGTGCAAAAAAAGTGGAAGACGTATCGAGATTTGTGCGTCTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGAT < 1:9409598/101‑1 CAAAAAAAGTGGAAGACGTATCGAGATTTGTGCGTCTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACT < 1:1097656/101‑1 AAAAAAGTGGAAGACGTATCGAGATTTGTGCGTCTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGTCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTA < 1:2898867/101‑1 TGGAAGACGTATCGAGATTTGTGCGTCTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTT < 1:6358449/101‑1 TGGAAGACGTATCGAGATTTGTGCGTCTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTT < 1:5467553/101‑1 GGAAGACGTATCGAGATTTGTGCGTCTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTA > 1:8363188/1‑101 GGAAGACGTATCGAGATTTGTGCGTCTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTA < 1:4219205/101‑1 ACGTATCGAGATTTGTGCGTCTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTA < 1:910471/101‑1 AGATTTGTGCGTCTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTG < 1:7067886/101‑1 TCTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTG < 1:8352977/101‑1 CTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGC > 1:10290645/1‑101 TCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCA > 1:5109215/1‑101 CGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAG < 1:210580/101‑1 GAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT > 1:3288324/1‑101 GACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGG > 1:10216340/1‑101 ATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTT > 1:9990175/1‑101 ATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGGGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTT > 1:4919003/1‑101 TGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTC > 1:8019110/1‑101 TGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTC > 1:10835485/1‑101 GTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCT > 1:2952730/1‑101 GGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCA < 1:386525/101‑1 TTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCT < 1:3284116/101‑1 TTGCCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCT > 1:7882506/1‑101 CCATAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTC < 1:10507809/101‑1 TAATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCT < 1:10765125/101‑1 ATTAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCC > 1:7417465/1‑101 TAACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTG < 1:2880055/101‑1 AACGTTGTATGTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGT > 1:2504407/1‑101 CGTTGCATAAGTGTGCAAAAAAAGTGGAAGACGTATCGAGATTTGTGCGTCTGATCGAGACATGTTTAAAAATGGCTTGCCATAATTAACGTTGTATGTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779/1909443‑1909344 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGT < NC_007779/2412225‑2412138 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |