| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 3987186 = | NA (NA) | 251 (1.090) | 135/178 | NT | 100% | intergenic (‑732/‑31) | slp/insH | outer membrane lipoprotein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_007779 | = 4009203 | 0 (0.000) | coding (1379/1623 nt) | yhiJ | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 399 total aligned reads displayed.
TTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779/3987285‑3987186‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAGAGATAGCCCGGCT < NC_007779/4009203‑4009103 TTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC < 1:43344/101‑1TTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC > 1:5909959/1‑101TTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC < 1:1829151/101‑1TTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC > 1:9177842/1‑101TTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC > 1:8920326/1‑101TTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC > 1:5125963/1‑101TTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC > 1:33763/1‑101 TCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCC > 1:4272780/1‑101 TCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCC > 1:9799531/1‑101 CACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCT > 1:3892743/1‑101 CACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCT > 1:5711531/1‑101 ACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCaa > 1:8524513/1‑99 ACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTA > 1:9084004/1‑101 ACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTA < 1:7978820/101‑1 ACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTA > 1:1227773/1‑101 ACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTA > 1:2758714/1‑101 CTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCCTATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAA > 1:9297391/1‑101 CTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAg < 1:4478593/101‑2 CTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAA > 1:677438/1‑101 CTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAA < 1:6646017/101‑1 CTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAA > 1:2268042/1‑101 GTCGGCGAAGGGAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCACATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAAtc > 1:4179866/1‑99 TCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAgcgt < 1:8106413/101‑5 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCGCCTTCCCTAgcgtc < 1:705270/101‑6 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAgcgtc < 1:11442035/101‑6 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAgcgtc < 1:2870522/101‑6 GGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAgcgtca < 1:6828887/101‑7 GGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAgcgtca > 1:6423691/1‑95 GGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTT < 1:298488/101‑1 CGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAgcgtcatc > 1:3852444/1‑93 GAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTG < 1:10841438/101‑1 AAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAgcgtcatcat < 1:9951244/101‑11 TAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACAT < 1:2080904/101‑1 AAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCCCCTTCCCTAACATTTGTGAACATG < 1:7172322/101‑1 GTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCT > 1:9588321/1‑101 TGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAA > 1:4215480/1‑101 TGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAG > 1:11484500/1‑101 CATGATGAGCCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTT < 1:7114672/101‑1 CATGATGAACCCTGTTCTGTGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGTACTTGTTCGCCCCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTT < 1:11700000/101‑1 CATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTT > 1:737837/1‑101 CATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTT > 1:9451415/1‑101 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCA > 1:1359268/1‑101 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAG < 1:10554899/101‑1 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAG > 1:6177513/1‑101 GAACCCTGTTCTATGGCTACAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTT < 1:7531615/101‑1 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGT > 1:1592785/1‑101 TGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTC > 1:504088/1‑101 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCT > 1:10624165/1‑101 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCT < 1:1186440/101‑1 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTG > 1:2389571/1‑101 TCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGT > 1:8732902/1‑101 TCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGT < 1:3664560/101‑1 ATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCTCCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAAT < 1:8654249/101‑1 ATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAAT > 1:7005821/1‑101 GGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTTCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCT < 1:5456237/101‑1 GGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCT > 1:6013610/1‑101 TCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTC < 1:5613670/101‑1 CCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCG < 1:11808308/101‑1 CCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCG < 1:11669012/101‑1 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGA < 1:886997/101‑1 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TTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779/3987285‑3987186‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAGAGATAGCCCGGCT < NC_007779/4009203‑4009103 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |