| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 1221489 = | 3 (0.010) | 217 (0.950) | 118/176 | NT | 98.7% | intergenic (+711/+2393) | ymgF/ymgD | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_007779 | 1301041 = | NA (NA) | intergenic (+219/‑89) | ychE/insC | inner membrane protein/IS2 element protein | |||||
Only 100 of 474 total aligned reads displayed.
GTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGAATG > NC_007779/1221389‑1221589 | acatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtct < 1:5596332‑M1/1‑1 (MQ=255)acatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtct < 1:9315805‑M1/1‑1 (MQ=255)acatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtct > 1:8825431‑M1/101‑101 (MQ=255)acatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtct < 1:453138‑M1/1‑1 (MQ=255)acatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagagtcagggggccagtct > 1:9761871‑M1/101‑101 (MQ=255)acatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagaatatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtct < 1:4635539‑M1/1‑1 (MQ=255) tgtAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAagcgata > 1:6390112/1‑101 (MQ=255) aaCTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAagcgatagcg > 1:1819485/1‑101 (MQ=255) gATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtgg > 1:3990611‑M1/1‑98 (MQ=255) tataAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggattt < 1:1473988‑M1/101‑8 (MQ=255) tataAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggattt < 1:7079130‑M1/101‑8 (MQ=255) ataaataaTGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttg > 1:6728284‑M1/1‑93 (MQ=255) ataaataaTGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttg < 1:10009720‑M1/101‑9 (MQ=255) tctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGAcc > 1:66778‑M1/86‑101 (MQ=255) tctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGAcc > 1:5917999‑M1/86‑101 (MQ=255) ctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACct < 1:10307984‑M1/17‑1 (MQ=255) tccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACctc < 1:2396606‑M1/18‑1 (MQ=255) tccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACctc > 1:9605458‑M1/84‑101 (MQ=255) taatGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccct > 1:6465696‑M1/1‑88 (MQ=255) caatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTg > 1:11193336‑M1/82‑101 (MQ=255) aatGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgccccta < 1:3443779‑M1/101‑15 (MQ=255) atgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGa < 1:8587911‑M1/22‑1 (MQ=255) atgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGa < 1:386285‑M1/22‑1 (MQ=255) tgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGaa > 1:6043896‑M1/79‑101 (MQ=255) tGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctata > 1:10523418‑M1/1‑85 (MQ=255) gactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAg < 1:9910872‑M1/24‑1 (MQ=255) gactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAg > 1:11286186‑M1/78‑101 (MQ=255) actagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGc > 1:8756999‑M1/77‑101 (MQ=255) cAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatattt < 1:8257187‑M1/101‑20 (MQ=255) tagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGt > 1:9742800‑M1/75‑101 (MQ=255) tgtgATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttcca < 1:5844503‑M1/101‑23 (MQ=255) tctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATc < 1:6866915‑M1/30‑1 (MQ=255) gtgATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccag > 1:480653‑M1/1‑78 (MQ=255) gtgATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccag > 1:6803204‑M1/1‑78 (MQ=255) ctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGCCCTCTGGAAGCGTATCt > 1:2512932‑M1/71‑101 (MQ=255) ctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCt < 1:4717748‑M1/31‑1 (MQ=255) ctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCt > 1:7413711‑M1/71‑101 (MQ=255) taaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTg > 1:3162062‑M1/70‑101 (MQ=255) taaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTg < 1:8908963‑M1/32‑1 (MQ=255) taaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTg > 1:1582169‑M1/70‑101 (MQ=255) aCTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatct > 1:10937851‑M1/1‑72 (MQ=255) cTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctg < 1:8383936‑M1/101‑31 (MQ=255) cTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctg > 1:2978293‑M1/1‑71 (MQ=255) actagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACaaa < 1:10793251‑M1/37‑1 (MQ=255) aGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgtt > 1:4153419‑M1/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgtt > 1:10996425‑M1/1‑69 (MQ=255) tattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGaaaa < 1:6284465‑M1/42‑1 (MQ=255) tattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGaaaa < 1:1910675‑M1/42‑1 (MQ=255) taagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGT‑TCTGACAAAGAAAAtggg < 1:6562035‑M1/45‑2 (MQ=255) gATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcact > 1:9067550‑M1/1‑63 (MQ=255) aagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGa < 1:11739554‑M1/46‑1 (MQ=255) agactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAg < 1:7520331‑M1/47‑1 (MQ=255) agactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAg < 1:376087‑M1/47‑1 (MQ=255) agactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAg > 1:3346608‑M1/55‑101 (MQ=255) gATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaac > 1:983340‑M1/1‑59 (MQ=255) ctatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGa < 1:1252900‑M1/50‑1 (MQ=255) cTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttcaagacatctgttatcacttaaccca > 1:10094317‑M1/1‑56 (MQ=255) tcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATaa > 1:5178235‑M1/49‑101 (MQ=255) tATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatt < 1:6189199‑M1/101‑48 (MQ=255) aTGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta < 1:7575629‑M1/101‑49 (MQ=255) tGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattac > 1:10243930‑M1/1‑52 (MQ=255) tatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAAcagcc < 1:5773104‑M1/58‑1 (MQ=255) tttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAAcagccag > 1:11688771‑M1/42‑101 (MQ=255) ttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAAcagccagc < 1:5675305‑M1/61‑1 (MQ=255) taagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAgcg > 1:520534‑M1/40‑101 (MQ=255) aagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAgcgc > 1:8676093‑M1/39‑101 (MQ=255) ccgttGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgc < 1:8527299‑M1/99‑58 (MQ=255) cTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgc < 1:9257432‑M1/101‑58 (MQ=255) ttGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgc > 1:162241‑M1/1‑41 (MQ=255) 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tgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGaa > 1:10599836‑M1/26‑101 (MQ=255) aaaCAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatatt > 1:3684285‑M1/1‑31 (MQ=255) aCAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcc > 1:1049364‑M1/1‑29 (MQ=255) aaaGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgctcctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccg > 1:8145342‑M1/1‑27 (MQ=255) aaGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgt < 1:7343619‑M1/101‑76 (MQ=255) aaGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgt > 1:3101244‑M1/1‑26 (MQ=255) aGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaccccattccaagcccgctgccgcagatattcccgtg < 1:7826662‑M1/101‑77 (MQ=255) 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gtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGa > 1:5970507‑M1/4‑101 (MQ=255) TAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGAATg < 1:9402249‑M1/101‑1 (MQ=255) TAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGAATg > 1:1004861‑M1/1‑101 (MQ=255) | GTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGAATG > NC_007779/1221389‑1221589 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |