| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 2411458 = | NA (NA) | 345 (0.980) | 145/180 | NT | 94.3% | intergenic (‑147/+15) | lrhA/insB | DNA‑binding transcriptional repressor/IS1 element protein |
| ? | NC_007779 | = 2985055 | 21 (0.060) | coding (553/1230 nt) | yqeG | transporter | |||||
Only 100 of 749 total aligned reads displayed.
GGTAATGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGATATCGATTCCCGTGATGGTTTTCGCCTTTAGCCATACGCCCATTATTTCTACGTTTGCCATAGACAG > NC_007779/2984955‑2985155 | gTAATGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGg > 1:1871423‑M2/1‑100 (MQ=255) tAATGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGgg < 1:2252278‑M2/101‑3 (MQ=255) caggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTc < 1:12394875‑M2/14‑1 (MQ=255) gggATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaat > 1:9658730‑M2/1‑95 (MQ=255) aggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGCAGAGTTCa > 1:473031‑M2/87‑101 (MQ=255) ggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCaa > 1:1254720‑M2/86‑101 (MQ=255) ggATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatg > 1:8688965‑M2/1‑94 (MQ=255) gATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatga > 1:11472766‑M2/1‑93 (MQ=255) gacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGa > 1:7226745‑M2/81‑101 (MQ=255) tGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaa > 1:17740746‑M2/1‑87 (MQ=255) tGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaa > 1:5230287‑M2/1‑87 (MQ=255) agctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATa < 1:8400417‑M2/24‑1 (MQ=255) agctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATa < 1:16414046‑M2/24‑1 (MQ=255) tATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaactt < 1:7845734‑M2/101‑18 (MQ=255) tATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaactt > 1:2453678‑M2/1‑84 (MQ=255) aTTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaactta > 1:10531578‑M2/1‑83 (MQ=255) ttCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttat > 1:4602643‑M2/1‑82 (MQ=255) gatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCt > 1:14157479‑M2/74‑101 (MQ=255) tagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTc > 1:7593531‑M2/72‑101 (MQ=255) cccATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattg > 1:16572784‑M2/1‑80 (MQ=255) ccATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattga > 1:4866743‑M2/1‑79 (MQ=255) ttgattgCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatag < 1:17839870‑M2/101‑26 (MQ=255) gattgCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtg > 1:4220301‑M2/1‑74 (MQ=255) ttgCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgtt > 1:15079722‑M2/1‑72 (MQ=255) tgCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttt < 1:16008706‑M2/101‑31 (MQ=255) tgCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttt < 1:7669031‑M2/101‑31 (MQ=255) tgCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttt > 1:3020289‑M2/1‑71 (MQ=255) aagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGatat < 1:6984357‑M2/39‑1 (MQ=255) aagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGatat > 1:10836454‑M2/63‑101 (MQ=255) aagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGatat < 1:5437868‑M2/39‑1 (MQ=255) gCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgtttt > 1:16831667‑M2/1‑70 (MQ=255) gCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgtttt < 1:3581561‑M2/101‑32 (MQ=255) agccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATg > 1:11603517‑M2/62‑101 (MQ=255) ccTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgtttta > 1:7099788‑M2/1‑69 (MQ=255) tatttcttatttctTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatg > 1:1538672‑M2/1‑67 (MQ=255) cactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGat > 1:12801245‑M2/59‑101 (MQ=255) actggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGata > 1:1302770‑M2/58‑101 (MQ=255) tttcttatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt < 1:14725578‑M2/101‑37 (MQ=255) tttcttatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGgggaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt < 1:3365078‑M2/101‑37 (MQ=255) tcttatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttca < 1:9798067‑M2/101‑39 (MQ=255) tcttatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttca < 1:15592297‑M2/101‑39 (MQ=255) cttatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag > 1:10350801‑M2/1‑62 (MQ=255) tatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagat < 1:2622686‑M2/101‑42 (MQ=255) cacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGATATCGATTc < 1:3833001‑M2/51‑1 (MQ=255) tttctttcCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataa > 1:12239778‑M2/1‑58 (MQ=255) ttctttcCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataat < 1:9313330‑M2/101‑45 (MQ=255) aTTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatg < 1:8827903‑M2/101‑53 (MQ=255) ttACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgac < 1:2400115‑M2/101‑55 (MQ=255) cTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttg < 1:7377763‑M2/101‑59 (MQ=255) gTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtca < 1:11833255‑M2/101‑62 (MQ=255) tCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTTGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcat > 1:10984430‑M2/1‑39 (MQ=255) tCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatcgtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcat > 1:11765119‑M2/1‑39 (MQ=255) ggTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgc > 1:11974438‑M2/1‑37 (MQ=255) ggTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgc < 1:16757098‑M2/101‑65 (MQ=255) gTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgca > 1:3240267‑M2/1‑36 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |