| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | = 2322124 | NA (NA) | 408 (1.160) | 158/180 | NT | 100% | intergenic (‑91/‑2589) | insC/atoS | IS2 element protein/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with AtoC |
| ? | NC_007779 | 2589830 = | 0 (0.000) | intergenic (+466/‑73) | acrD/yffB | aminoglycoside/multidrug efflux system/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 565 total aligned reads displayed.
ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_007779/2322025‑2322124‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAAT > NC_007779/2589830‑2589929 ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA < 1:1680894/101‑1ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA > 1:6713176/1‑101ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA < 1:17375860/101‑1ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA > 1:5700387/1‑101ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA < 1:11009100/101‑1ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA > 1:14876989/1‑101 CAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATA > 1:6188162/1‑101 CAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATA < 1:10948289/101‑1 CAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATA < 1:8447516/101‑1 CAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATA < 1:2808533/101‑1 AATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtc < 1:8156919/101‑3 ATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtct > 1:11658993/1‑98 ATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtct < 1:15883464/101‑4 ATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAAT > 1:758386/1‑101 ATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAAT < 1:15191140/101‑1 TCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtctt < 1:8912382/101‑5 TCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATC < 1:16453912/101‑1 TCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATC < 1:16784796/101‑1 CATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtctta < 1:14430058/101‑6 CATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATtt > 1:13540366/1‑99 CATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATtt > 1:16015111/1‑99 ATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtcttat < 1:12054025/101‑7 CTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtcttatgt > 1:7989790/1‑93 CTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtcttatgt < 1:4823541/101‑9 CTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATttact < 1:369984/101‑6 CTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTT < 1:7415542/101‑1 CTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACAAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTT < 1:15299729/101‑1 TGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtcttatgtt > 1:3484287/1‑92 TGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtcttatgtt < 1:7881349/101‑10 TGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTG < 1:8707966/101‑1 GTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATttactgc < 1:14246589/101‑8 TCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAG > 1:4400383/1‑101 CTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATttactgcatc < 1:9455496/101‑11 CTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGG < 1:12912922/101‑1 TCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGC < 1:5067119/101‑1 TCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGC < 1:2096601/101‑1 CCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCA > 1:17603581/1‑101 ATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAA > 1:964136/1‑101 GACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATG > 1:4633906/1‑101 GACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATG > 1:1371342/1‑101 GACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATG > 1:6867996/1‑101 ACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGT < 1:16347485/101‑1 CTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTT > 1:4262733/1‑101 CTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTT > 1:6570760/1‑101 AGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTT < 1:1617102/101‑1 AGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTT > 1:775933/1‑101 AGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTT > 1:9879799/1‑101 GTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTC < 1:3947493/101‑1 TCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCA < 1:11457872/101‑1 TCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCA > 1:9207492/1‑101 CTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCAC > 1:17798105/1‑101 AAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCC < 1:5995864/101‑1 AAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTT > 1:4151293/1‑101 AACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTA < 1:5355750/101‑1 ATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGT > 1:7087642/1‑101 TTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTA > 1:2951766/1‑101 TTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTA < 1:15607232/101‑1 TTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTA < 1:10160216/101‑1 AAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATT < 1:1503126/101‑1 AGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTT < 1:9726182/101‑1 CTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCGGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATT < 1:17246023/101‑1 CTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATT > 1:11280698/1‑101 TATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTC > 1:17501297/1‑101 catTTATTTAAGTGTTATTGTTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCA < 1:3344341/98‑1 CTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATA < 1:3855859/101‑1 CTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATA < 1:11181708/101‑1 TTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAA < 1:11762191/101‑1 TTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAA > 1:15412476/1‑101 TATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAA < 1:5244451/101‑1 TTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATC > 1:8368707/1‑101 TAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATGGA < 1:6316291/101‑1 TAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGA < 1:1320467/101‑1 TAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGA > 1:7332093/1‑101 AGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAA < 1:2592865/101‑1 ATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGG > 1:2419377/1‑101 ATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGG > 1:15728773/1‑101 ATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGAT > 1:12413306/1‑101 TTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATT < 1:5531767/101‑1 GTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTAT < 1:12210362/101‑1 TCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATG < 1:14676240/101‑1 CTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGG > 1:8989205/1‑101 CTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGG < 1:8564116/101‑1 CTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGG > 1:17134660/1‑101 AGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTAC > 1:13982279/1‑101 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ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_007779/2322025‑2322124‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAAT > NC_007779/2589830‑2589929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |