| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 4547362 = | 268 (0.760) | 26 (0.080) | 24/162 | NT | 8.9% | intergenic (+49/‑433) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin |
| ? | NC_007779 | 4547676 = | 293 (0.920) | intergenic (+363/‑119) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin | |||||
Only 100 of 428 total aligned reads displayed.
ATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAA > NC_007779/4547262‑4547462 | actatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatt > 1:12461526‑M1/101‑101 (MQ=255)actatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatt < 1:2121225‑M1/1‑1 (MQ=255) tGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT > 1:12325917‑M1/1‑101 (MQ=255) ctatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacattt < 1:1200485‑M1/2‑1 (MQ=255) ctatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacattt < 1:5301304‑M1/2‑1 (MQ=255) tatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTg < 1:10208368‑M1/3‑1 (MQ=255) atttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTgg < 1:2430046‑M1/4‑1 (MQ=255) atttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTgg < 1:10899584‑M1/4‑1 (MQ=255) tttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTggg > 1:11755219‑M1/97‑101 (MQ=255) ttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTgggg > 1:6585140‑M1/96‑101 (MQ=255) ttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTgggg < 1:7668030‑M1/6‑1 (MQ=255) ttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTgggg < 1:3419791‑M1/6‑1 (MQ=255) ttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTgggg < 1:13180907‑M1/6‑1 (MQ=255) aaagaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACGAGACAATTGGGG < 1:10726587‑M1/101‑1 (MQ=255) tctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGc < 1:8283245‑M1/7‑1 (MQ=255) gctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGc > 1:705585‑M1/95‑101 (MQ=255) taaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCa < 1:16622630‑M1/9‑1 (MQ=255) taaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCa > 1:8430242‑M1/93‑101 (MQ=255) gaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCA < 1:11596295‑M1/101‑1 (MQ=255) ataatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑c < 1:2811812/101‑1 (MQ=255) tcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAA‑Ct < 1:13993537‑M1/13‑1 (MQ=255) taatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAtttt < 1:3119673‑M1/101‑5 (MQ=255) ctcATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTcc < 1:6393270/101‑1 (MQ=255) tcATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCa < 1:13645970/101‑1 (MQ=255) tcATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCa > 1:14456924/1‑101 (MQ=255) tcATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCa > 1:11040010/1‑101 (MQ=255) tAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCatat < 1:11102015/101‑1 (MQ=255) cGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCata > 1:1068137/1‑101 (MQ=255) aaaaaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCataaa > 1:14201607/1‑101 (MQ=255) aaaaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCataaat < 1:9586643/101‑1 (MQ=255) aaaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCataaata > 1:8051235/1‑101 (MQ=255) aaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCataaataa > 1:17298788/1‑101 (MQ=255) ctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAg < 1:12236418‑M1/31‑1 (MQ=255) tAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGtt < 1:17730192/101‑1 (MQ=255) gtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGtt < 1:1750740‑M1/33‑1 (MQ=255) aaaaaGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTa > 1:14561393/1‑101 (MQ=255) aaaGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACg < 1:10470282/101‑1 (MQ=255) aagagaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGt > 1:4587594/1‑101 (MQ=255) agaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAtt > 1:15534387/1‑101 (MQ=255) gaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAttt > 1:1858533/1‑101 (MQ=255) gaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAttt > 1:8697997/1‑101 (MQ=255) agagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAttttt > 1:17602769/1‑101 (MQ=255) gagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAtttttt > 1:16127675/1‑101 (MQ=255) ttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTtc < 1:3653883‑M1/45‑1 (MQ=255) gTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTtctc > 1:5016918/1‑101 (MQ=255) gTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTtctc < 1:15679946/101‑1 (MQ=255) tttGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCa > 1:3899204/1‑101 (MQ=255) tttGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCa < 1:6943023/101‑1 (MQ=255) ttGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCaa < 1:16997153/101‑1 (MQ=255) aTTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCa < 1:14090282/101‑1 (MQ=255) ttAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagttt > 1:9391401‑M1/1‑56 (MQ=255) ttAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATa < 1:15983443/101‑1 (MQ=255) aaCTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATaaa < 1:16267083/101‑1 (MQ=255) ttgttGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAat > 1:16675959/4‑101 (MQ=255) aTTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAatat < 1:16949617/101‑1 (MQ=255) tGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTa > 1:7278890/1‑101 (MQ=255) gATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaa > 1:17146125/1‑101 (MQ=255) gATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaa < 1:3768258/101‑1 (MQ=255) ataataAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaaa > 1:17473920/1‑101 (MQ=255) taataaAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaaaa > 1:9041123/1‑101 (MQ=255) taataaAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaaaa > 1:8515823/1‑101 (MQ=255) aataaAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAA‑CTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaaaaa < 1:11507096/101‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |