New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | 2411459 = | NA (NA) | 29 (0.110) | 26/178 | NT | 11.0% | intergenic (‑148/+14) | lrhA/insB | DNA‑binding transcriptional repressor/IS1 element protein |
? | NC_007779 | = 2941347 | 238 (0.920) | intergenic (‑124/+227) | gcvA/ygdI | DNA‑binding transcriptional dual regulator/hypothetical protein |
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
TGAATTTAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGG > NC_007779/2941247‑2941447 | tGAATTTAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGG > 1:9011962‑M2/1‑101 (MQ=255) aaTTTAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTggcg < 1:2732310/101‑1 (MQ=255) aaTTTAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTggcg > 1:8269096/1‑101 (MQ=255) aaTTTAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTggcg < 1:10875694/101‑1 (MQ=255) aaTTTAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGgt < 1:12994757‑M2/101‑3 (MQ=255) tttAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTggcggc < 1:10612877/101‑1 (MQ=255) tttAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTggcggc < 1:10682194/101‑1 (MQ=255) tttAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTggcggc < 1:11688920/101‑1 (MQ=255) ttAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCa > 1:7798373/1‑101 (MQ=255) ttAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCa > 1:8387915/1‑101 (MQ=255) tAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCAc > 1:2544410/1‑101 (MQ=255) aaCAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACt < 1:565349/101‑1 (MQ=255) aaCAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACt > 1:4758865/1‑101 (MQ=255) agggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagtaggcagcatcaccCCTATAGTGGCGGCACtt < 1:12890905‑M2/18‑1 (MQ=255) aCAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGgtaatgac < 1:12717984‑M2/101‑9 (MQ=255) cAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTc > 1:9648410/1‑101 (MQ=255) aaTTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTcc > 1:2498514/1‑101 (MQ=255) aaTTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTcc > 1:1073533/1‑101 (MQ=255) cagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCTATAGTGGCGGCACTTCCTGa > 1:3662912‑M2/79‑101 (MQ=255) tCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCg > 1:10441077/1‑101 (MQ=255) tCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCg < 1:4068692/101‑1 (MQ=255) acacTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGa > 1:5972994/1‑101 (MQ=255) acacTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGa < 1:8782505/101‑1 (MQ=255) tagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGaa > 1:5382795‑M2/72‑101 (MQ=255) cacTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGaa > 1:6442792/1‑101 (MQ=255) cacTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGaa < 1:1586279/101‑1 (MQ=255) cTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACg > 1:7197104/1‑101 (MQ=255) cagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGaaaa < 1:1896061‑M2/36‑1 (MQ=255) tAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAg > 1:13330952/1‑101 (MQ=255) tAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAg < 1:9817138/101‑1 (MQ=255) aaCCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGt > 1:11123624/1‑101 (MQ=255) tATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTa > 1:3794441/1‑101 (MQ=255) aTTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTAt < 1:2133459/101‑1 (MQ=255) aTTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAACTTTTAt < 1:9571233/101‑1 (MQ=255) ttAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCTCTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATc < 1:993906/101‑1 (MQ=255) ttAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATc > 1:1427150/1‑101 (MQ=255) tAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCg < 1:10337618/101‑1 (MQ=255) aGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCgg > 1:6479044/1‑101 (MQ=255) gTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGa > 1:1806081/1‑101 (MQ=255) gTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGa < 1:7881545/101‑1 (MQ=255) gTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGa > 1:11235763/1‑101 (MQ=255) tttttttAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGaa < 1:1675432/101‑1 (MQ=255) ttttttAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAAt > 1:6763352/1‑101 (MQ=255) ttttttAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAAt < 1:6675747/101‑1 (MQ=255) ttttAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGc < 1:506838/101‑1 (MQ=255) ttttAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGc > 1:12370027/1‑101 (MQ=255) tAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCgtg < 1:9209439/101‑1 (MQ=255) tAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCgtg < 1:4277029/101‑1 (MQ=255) gCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGgtaatgactccaacttattgttagtgttttatgttcagataatgcccgatga > 1:8124205‑M2/1‑49 (MQ=255) gCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTg < 1:4401718/101‑1 (MQ=255) cATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGaa > 1:6546120/1‑101 (MQ=255) cATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGaa < 1:10143516/101‑1 (MQ=255) cATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGaa > 1:3412960/1‑101 (MQ=255) tataAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACtt < 1:375381/101‑1 (MQ=255) catacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACttt < 1:5699659‑M2/68‑1 (MQ=255) taAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACtttt < 1:8898321/101‑1 (MQ=255) atacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACtttt > 1:6049375‑M2/33‑101 (MQ=255) ttGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGgtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgc > 1:8505726‑M2/1‑38 (MQ=255) tGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCtt > 1:11926423/1‑101 (MQ=255) tGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCtt < 1:6628504/101‑1 (MQ=255) taaatcagtaagttggcagcatcaccCCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTa > 1:12280015‑M2/27‑101 (MQ=255) gTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTa > 1:867901/1‑101 (MQ=255) aaatcagtaagttggcagcatcaccCCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTAc < 1:7346449‑M2/76‑1 (MQ=255) ccGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACg > 1:2415687/1‑101 (MQ=255) aatcagtaagttggcagcatcaccCCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACg > 1:5120651‑M2/25‑101 (MQ=255) tcagtaagttggcagcatcaccCCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGt > 1:12603836‑M2/23‑101 (MQ=255) tcagtaagttggcagcatcaccCCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGt > 1:6189142‑M2/23‑101 (MQ=255) gAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTtgt < 1:3913655/101‑1 (MQ=255) gAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTtgt > 1:4854240/1‑101 (MQ=255) 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cTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGttt > 1:2208975/1‑101 (MQ=255) tataGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTg < 1:7022667/101‑1 (MQ=255) taGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCa > 1:11813055/1‑101 (MQ=255) taGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCa > 1:3135751/1‑101 (MQ=255) aGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGGGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCaa > 1:9478315/1‑101 (MQ=255) gTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAAt < 1:705108/101‑1 (MQ=255) tGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAAtt < 1:5794289/101‑1 (MQ=255) ggcggcACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTg > 1:9140814/1‑101 (MQ=255) ggcggcACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTg > 1:6969690/1‑101 (MQ=255) ggcggcACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGGGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTg < 1:10600949/101‑1 (MQ=255) ggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtc < 1:5737653‑M2/101‑101 (MQ=255) ggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtc > 1:5836349‑M2/1‑1 (MQ=255) ggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtc < 1:11476637‑M2/101‑101 (MQ=255) ggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtc > 1:9432591‑M2/1‑1 (MQ=255) ggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtc < 1:10954378‑M2/101‑101 (MQ=255) gcggcACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTgg < 1:9728686/101‑1 (MQ=255) gcggcACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTgg < 1:10214230/101‑1 (MQ=255) | TGAATTTAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGG > NC_007779/2941247‑2941447 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |