| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,689,274 | G→A | 2.4% | W187* (TGG→TGA) | hdfR → | DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,689,274 | 0 | G→A | 2.4% | 9.4 ‑1.4 ‑0.4 | 292 | W187* (TGG→TGA) | hdfR | DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/5): ref base (161/123): total (164/128) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.47e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.01e-01 | ||||||||||
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
ACGAATTTAGTAGTCAGTTGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGCCCATTCTGACAACCAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGA > NC_007779/3689174‑3689374 | gAATTTAGTAGTCAGTTGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTgggg > 1:6953245/1‑101 (MQ=255) aTTTAGTAGTCAGTTGCTGGGATATTTTACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGc < 1:9746930/101‑1 (MQ=255) tagtagTCAGTTGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAg > 1:8581670/1‑101 (MQ=255) agtagtCAGTTGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGa > 1:12260537/1‑101 (MQ=255) tagtCAGTTGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGAtt > 1:1858381/1‑101 (MQ=255) agtCAGTTGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGAttt > 1:3200383/1‑101 (MQ=255) gtCAGTTGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGAtttt < 1:11958275/101‑1 (MQ=255) tCAGTTGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTc > 1:10313663/1‑101 (MQ=255) tCAGTTGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTc > 1:1547112/1‑101 (MQ=255) cAGTTGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCa > 1:10209188/1‑101 (MQ=255) cAGTTGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCa > 1:3920101/1‑101 (MQ=255) aGTTGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCaa > 1:5371362/1‑101 (MQ=255) ttGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACa > 1:7142749/1‑101 (MQ=255) ttGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACa < 1:8992739/101‑1 (MQ=255) tGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAg > 1:9321042/1‑101 (MQ=255) tGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAg > 1:13256165/1‑101 (MQ=255) gCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGc > 1:10103811/1‑101 (MQ=255) gCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGc < 1:8500669/101‑1 (MQ=255) cTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCa < 1:11301761/101‑1 (MQ=255) tGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCAt < 1:8800486/101‑1 (MQ=255) gggATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATg > 1:12190217/1‑101 (MQ=255) gggATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATg < 1:1730472/101‑1 (MQ=255) ggATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGa < 1:9516369/101‑1 (MQ=255) ggATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGa < 1:5734287/101‑1 (MQ=255) atatTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAgg > 1:8085761/1‑101 (MQ=255) tttCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAg < 1:5711549/101‑1 (MQ=255) ttCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAgg > 1:1776687/1‑101 (MQ=255) tCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGt < 1:1256990/101‑1 (MQ=255) tCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGt > 1:9157406/1‑101 (MQ=255) tCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGt < 1:5593723/101‑1 (MQ=255) cACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGtt > 1:4135909/1‑101 (MQ=255) cACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGtt > 1:2764098/1‑101 (MQ=255) cACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGtt < 1:7977117/101‑1 (MQ=255) cACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGtt > 1:6457989/1‑101 (MQ=255) cTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTg < 1:11861762/101‑1 (MQ=255) cTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTg < 1:3097741/101‑1 (MQ=255) tttAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGGTTGa < 1:7928546/101‑1 (MQ=255) ttAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGAt > 1:3354100/1‑101 (MQ=255) ttAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGAt > 1:2129725/1‑101 (MQ=255) ttAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGGTTGAt > 1:4921996/1‑101 (MQ=255) tAGCGCTTTATGACAGGGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATc < 1:13143817/101‑1 (MQ=255) 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cTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGc > 1:6330706/1‑101 (MQ=255) cTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGc > 1:1038534/1‑101 (MQ=255) cTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGc > 1:7261567/1‑101 (MQ=255) tttATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCt > 1:6137192/1‑101 (MQ=255) tttATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCt < 1:1440807/101‑1 (MQ=255) tttATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCt > 1:2881727/1‑101 (MQ=255) tataCCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGa > 1:2296768/1‑101 (MQ=255) tGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGc > 1:7575184/1‑101 (MQ=255) gCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGcc > 1:8629604/1‑101 (MQ=255) ccccTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGccc < 1:7529948/101‑1 (MQ=255) ccccTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGccc < 1:4225102/101‑1 (MQ=255) ccccTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGCGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTTccc > 1:9376759/1‑101 (MQ=255) cccTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGCCCa > 1:11632850/1‑101 (MQ=255) ccTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGCCCAt < 1:6556371/101‑1 (MQ=255) ccTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGAGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGCCCAt < 1:8187208/101‑1 (MQ=255) cTTCTAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGCCCAtt < 1:1820292/101‑1 (MQ=255) cTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGCCCAtt > 1:5960535/1‑101 (MQ=255) ttCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGCCCATTc > 1:13107889/1‑101 (MQ=255) tCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCTGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGCCCATTCt < 1:11062942/101‑1 (MQ=255) tCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGCCCATTCt > 1:5135192/1‑101 (MQ=255) tCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGCCCATTCt > 1:383440/1‑101 (MQ=255) 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tGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGCCCATTCTGACAACCAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGc < 1:3987652/101‑1 (MQ=255) tGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGCCCATTCTGACAACCAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGc < 1:10007963/101‑1 (MQ=255) gggggCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGCCCATTCTGACAACCAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCg > 1:8360459/1‑101 (MQ=255) | ACGAATTTAGTAGTCAGTTGCTGGGATATTTCACTTTAGCGCTTTATACCAGTGCCCCTTCAAAACTAAAGGGAGATCTTAATTATCTGCGACTTGAGTGGGGGCCAGATTTTCAACAGCATGAGGCAGGTTTGATCGGTGCTGACGAAGTGCCCATTCTGACAACCAGTTCTGCTGAACTGGCACAGCAACAGATTGCGA > NC_007779/3689174‑3689374 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |