Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 4,371,467 | Δ1 bp | 41.1% | intergenic (‑202/+104) | dcuA ← / ← aspA | C4‑dicarboxylate antiporter/aspartate ammonia‑lyase |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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* | NC_007779 | 4,371,467 | 0 | G→. | 41.1% | 0.0 0.0 ‑1.1 | 214 | intergenic (‑202/+104) | dcuA/aspA | C4‑dicarboxylate antiporter/aspartate ammonia‑lyase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (41/47): ref base (57/63): total (101/113) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.43e-02 |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
CGCCTGCAAAACCAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTGTTATTTTTAAGTTACTGCTCACAAGAAAAAAGGCACGTCATCTGACGTGCCTTTTTTATTTGTACTACCCTGTA > NC_007779/4371369‑4371567 | cGCCTGCAAAACCAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGtt < 1:8048998/101‑1 (MQ=255) gCCTGCAAAACCAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTTttt > 1:499095/1‑101 (MQ=255) cTGCAAAACCAATACTTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGttttt > 1:6642634/1‑101 (MQ=255) cTGCAAAACCAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTTttttt > 1:8769618/1‑101 (MQ=255) tGCAAAACCAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTTttttta < 1:2046774/101‑2 (MQ=255) tGCAAAACCAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGtttttt > 1:3431457/1‑101 (MQ=255) gCAAAACCAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTa > 1:3081566/1‑101 (MQ=255) gCAAAACCAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTa > 1:7811943/1‑101 (MQ=255) gCAAAACCAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTa < 1:1593491/101‑1 (MQ=255) gCAAAACCAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTa < 1:5785767/101‑1 (MQ=255) aaaaCCAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTAAc > 1:2236799/1‑101 (MQ=255) aaaaCCAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TTTTTTAACa < 1:9123284/101‑1 (MQ=255) aaaCCAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TTTTTTAACaa > 1:9035886/1‑101 (MQ=255) aaaCCAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TTTTTTAACaa < 1:1058231/101‑1 (MQ=255) aaCCAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTAACaa < 1:747744/101‑1 (MQ=255) ccAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TTTTTTAACAAGtt < 1:4673382/101‑1 (MQ=255) aaTACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTAACAAGTTg < 1:5644759/101‑1 (MQ=255) aaTACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTAACAAGTTg > 1:5541460/1‑101 (MQ=255) aaTACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TGTTTTGACAAGTTGa > 1:7072887/1‑101 (MQ=255) tACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTAACAAGTTGat > 1:3498753/1‑101 (MQ=255) cTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TTTTTTAACAAGTTGATATTa > 1:5761485/1‑101 (MQ=255) cTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TTTTTTAACAAGTTGATATTa < 1:5485798/101‑1 (MQ=255) cTATTCCCCCCAATCTGGCCCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TTTTTTAACAAGTTGATATTa < 1:3363828/101‑1 (MQ=255) atATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGGATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTAACAAGTTGATAtt < 1:2115684/100‑1 (MQ=255) aTTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TTTTTTAACAAGTTGATATTAGa < 1:1006481/101‑1 (MQ=255) ttCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TTTTTTAACAAGTTGATATTAGAt < 1:5418809/101‑1 (MQ=255) tCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTTACAAGTTGATATTAGAt < 1:5970943/101‑1 (MQ=255) tCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TTTTTTAACAAGTTGATATTAGAtt > 1:4175616/1‑101 (MQ=255) ccccccAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTAACAAGTTGATATTAGAtt < 1:3298530/101‑1 (MQ=255) ccccccAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTg > 1:2725665/1‑101 (MQ=255) cccAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTGtt < 1:902265/101‑1 (MQ=255) ccAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTGCTa < 1:9179117/101‑1 (MQ=255) aaTCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTGTTAtt > 1:5483438/1‑101 (MQ=255) aTCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTGTTAttt < 1:8375068/101‑1 (MQ=255) 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agaagaTCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTGTTATTTTTAAGTTACTGCt < 1:6607630/101‑1 (MQ=255) gaagaTCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTGTTATTTTTAAGTTACTGCTc > 1:5687536/1‑101 (MQ=255) aagaTCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTGTTATTTTTAAGTTACTGCTca > 1:7267171/1‑101 (MQ=255) agaTCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTGTTATTTTTAAGTTACTGCTcac > 1:6673070/1‑101 (MQ=255) tCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTGTTATTTTTAAGTTACTGCTCACaa > 1:7692567/1‑101 (MQ=255) gcGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTT‑TTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTGTTATTTTTAAGTTACTGCTCACAAg < 1:9585808/100‑1 (MQ=255) cGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTGTTATTTTTAAGTTACTGCTCACAAg < 1:9629429/101‑1 (MQ=255) 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cttGTTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTGTTATTTTTAAGTTACTGCTCACAAGAAAAAAGGCACGTCATCTGACGTGCCTTTTTTATTTGTACTACCCt > 1:2673190/1‑101 (MQ=255) tGTTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTGTTATTTTTAAGTTACTGCTCACAAGAAAAAAGGCACGTCATCTGACGTGCCTTTTTTATTTGTACTACCCTGt < 1:2886219/101‑1 (MQ=255) gTTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTGTTATTTTTAAGTTACTGCTCACAAGAAAAAAGGCACGTCATCTGACGTGCCTTTTTTATTTGTACTACCCTGTa < 1:2195440/101‑1 (MQ=255) | CGCCTGCAAAACCAATACCTATTCCCCCCAATCTGGCGCCCAAGAAGATCGCCAGCAAAACTATGATGAGTTCTACAACTAGCATATTAGCCTTCCTTGTTTTTTAACAAGTTGATATTAGATTGTTATTTTTAAGTTACTGCTCACAAGAAAAAAGGCACGTCATCTGACGTGCCTTTTTTATTTGTACTACCCTGTA > NC_007779/4371369‑4371567 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |