| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 3987186 = | NA (NA) | 275 (1.060) | 131/178 | NT | 100% | intergenic (‑732/‑31) | slp/insH | outer membrane lipoprotein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_007779 | = 4009203 | 0 (0.000) | coding (1379/1623 nt) | yhiJ | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779/3987280‑3987186‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAGAGATAGCCCGGCT < NC_007779/4009203‑4009103 TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAAC > 1:10087043/1‑101TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAAC < 1:9509987/101‑1TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAAC > 1:11060032/1‑101 GTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACA < 1:12548098/101‑1 GTCAGCGAAGGTAAGGTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACA < 1:9871404/101‑1 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATT > 1:10158620/1‑101 GGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTT < 1:3529167/101‑1 GGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTT > 1:10906291/1‑101 GGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTT < 1:7959631/101‑1 GCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTG > 1:6318133/1‑101 GCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCACATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTG < 1:9147160/101‑1 CGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGT < 1:7673386/101‑1 CGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGT > 1:10298654/1‑101 AGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAA < 1:8009660/101‑1 AGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAA < 1:12759792/101‑1 GGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAAC > 1:5089995/1‑101 AAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATG < 1:628386/101‑1 AGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGC > 1:5186009/1‑101 AGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGC > 1:6419584/1‑101 GTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCT < 1:1535654/101‑1 TTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTA > 1:12035622/1‑101 TGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAA > 1:7802051/1‑101 TGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAA > 1:3390472/1‑101 GATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAAT < 1:7028227/101‑1 TGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAG > 1:8943306/1‑101 GACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGT < 1:10621140/101‑1 GACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGT < 1:3168573/101‑1 ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTTTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTG < 1:2194371/101‑1 ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTG > 1:12996221/1‑101 CTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGC > 1:12566011/1‑101 ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTC > 1:6641979/1‑101 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCA > 1:7439718/1‑101 GAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTT < 1:4651792/101‑1 GAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTT < 1:11291761/101‑1 AACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTT < 1:3285236/101‑1 gCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATAAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAG < 1:6039378/100‑1 CCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCGAGTTTAG > 1:8303191/1‑101 CCTGGTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGG < 1:19266/101‑1 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGT > 1:1730679/1‑101 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGT < 1:8545385/101‑1 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCT > 1:11341509/1‑101 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCT > 1:5805175/1‑101 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTG > 1:8628044/1‑101 ATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAAT < 1:1349336/101‑1 ATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAAT < 1:77378/101‑1 GGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCT < 1:1499830/101‑1 TCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTC > 1:38760/1‑101 TCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTC < 1:4907735/101‑1 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTTTAATCTGTCGA > 1:8145114/1‑101 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGA > 1:8442781/1‑101 GACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAG > 1:6183723/1‑101 GACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAG > 1:6843095/1‑101 ACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGA < 1:12822120/101‑1 CAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAA > 1:6741641/1‑101 AAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAA < 1:4387215/101‑1 AACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAA > 1:7588293/1‑101 ATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATA > 1:11661305/1‑101 ATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATA < 1:2389274/101‑1 ATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATA < 1:6536019/101‑1 gattttATATCAGGGACTTTTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAAC < 1:9250/95‑1 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CCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAGAGATAGCC > 1:5460500/1‑101 CCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGACCGACAAGAGATAGCC > 1:2833287/1‑101 CTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAGAGATAGCCC > 1:5895189/1‑101 TTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAGAGATAGCCCG > 1:7167747/1‑101 TTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAGAGATAGCCCG < 1:12307880/101‑1 CCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAGAGATAGCCCGGC < 1:920158/101‑1 CCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAGAGATAGCCCGGCT < 1:10202280/101‑1 CCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAGAGATAGCCCGGCT > 1:12158691/1‑101 TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779/3987280‑3987186‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAGAGATAGCCCGGCT < NC_007779/4009203‑4009103 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |