| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | = 4355066 | 10 (0.040) | 242 (0.940) | 124/176 | NT | 96.1% | coding (1275/1632 nt) | dcuS | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with DcuR, regulator of anaerobic fumarate respiration |
| ? | NC_007779 | = 4504189 | NA (NA) | intergenic (+9/‑90) | insD/yjgW | IS2 insertion element transposase InsAB'/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
CTAATTTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_007779/4354965‑4355066‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTAT < NC_007779/4504189‑4504092 CTAATTTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCT < 1:6701602/101‑1CTAATTTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCT < 1:12783166/101‑1CTAATTTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCT < 1:6391626/101‑1 TAATTTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTG < 1:4430326/101‑1 ATTTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGA > 1:5399512/1‑101 ATTTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGA > 1:957681/1‑101 ATTTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGA < 1:3935421/101‑1 TTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATT < 1:4977500/101‑1 TTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATT > 1:8659156/1‑101 TTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATT > 1:1856711/1‑101 TCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTT > 1:12154809/1‑101 CCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CC > 1:12472399/1‑101 TCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCC > 1:3997390/1‑101 TCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGGTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCC < 1:2271116/101‑1 CGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTA < 1:8755937/101‑1 GGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTAT > 1:7261255/1‑101 GGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTAT > 1:7187281/1‑101 GTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATAT > 1:10432939/1‑101 CCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTC > 1:6378571/1‑101 GCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAG < 1:5234317/101‑1 GCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGGAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAG > 1:11425357/1‑101 CTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACA < 1:10122101/101‑1 AATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATC > 1:11996299/1‑101 ATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCT > 1:6619047/1‑101 TGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTTCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTG > 1:8345916/1‑101 TGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTG < 1:10298360/101‑1 GCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGT < 1:4632409/101‑1 CCTCCAGCGCGTTTTTGATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTT < 1:12209377/101‑1 CTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTA < 1:8262589/101‑1 CTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTA > 1:2785205/1‑101 CCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATC > 1:11309963/1‑101 CAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCA > 1:11950872/1‑101 CAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCA > 1:5678403/1‑101 AGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTGCCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCA > 1:10349447/1‑101 AGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCAC < 1:11807356/101‑1 GCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACT > 1:8491495/1‑101 GCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACT < 1:3507550/101‑1 CGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTT > 1:8975584/1‑101 CGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTT > 1:6950218/1‑101 GCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑TCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTA < 1:7093193/101‑1 GCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTA < 1:617855/101‑1 GCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTA < 1:107129/101‑1 CGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAA > 1:7922456/1‑101 TCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCAT < 1:5304851/101‑1 TCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCAT < 1:4685418/101‑1 TATCAGATTTCCCAACGTTGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTA < 1:585051/101‑1 TATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTA > 1:9839633/1‑101 TATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTA < 1:5756385/101‑1 ATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGCTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTAC < 1:1305080/101‑1 AGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAG > 1:10855841/1‑101 GATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGC > 1:2638511/1‑101 ATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCC > 1:9628923/1‑101 CCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCT > 1:13225308/1‑101 CCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCT > 1:155618/1‑101 CCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCT > 1:3025429/1‑101 CCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTG < 1:8799821/101‑1 ACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCG > 1:809141/1‑101 CGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGC < 1:10903557/101‑1 GTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCA < 1:7973753/101‑1 TGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAG > 1:5177863/1‑101 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AGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGAATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCC > 1:9042704/1‑101 CGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGT > 1:11878262/1‑101 CGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATATGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGT > 1:9146378/1‑101 CGTCGAGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGT > 1:5089371/1‑101 GTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTG > 1:3479161/1‑101 TCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGG > 1:427991/1‑101 CGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGC > 1:12069595/1‑101 CGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGC > 1:6020414/1‑101 CGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGA < 1:3264464/101‑1 GACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAG > 1:2067263/1‑101 GACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAG > 1:9458729/1‑101 GACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAG > 1:2925146/1‑101 GACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAG < 1:12141625/101‑1 ACCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGC > 1:6867051/1‑101 CCTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCG > 1:4127466/1‑101 CTGGTCCTCACTGCCGCTGGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGA > 1:8996579/1‑101 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CTAATTTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_007779/4354965‑4355066‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgGATTTG‑CCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTAT < NC_007779/4504189‑4504092 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |