New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | = 2322124 | NA (NA) | 302 (1.170) | 152/180 | NT | 100% | intergenic (‑91/‑2589) | insC/atoS | IS2 element protein/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with AtoC |
? | NC_007779 | 2589830 = | 0 (0.000) | intergenic (+466/‑73) | acrD/yffB | aminoglycoside/multidrug efflux system/hypothetical protein |
Only 100 of 796 total aligned reads displayed.
GACAGATAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAATT > NC_007779/2589730‑2589930 | atcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaa > 1:7807413‑M2/101‑101 (MQ=255) atcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaa < 1:10392126‑M2/1‑1 (MQ=255) atcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaa > 1:2402549‑M2/101‑101 (MQ=255) atcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaa < 1:8130363‑M2/1‑1 (MQ=255) atcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaa > 1:6142706‑M2/101‑101 (MQ=255) tcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaat > 1:7413649‑M2/100‑101 (MQ=255) tcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaat > 1:4125380‑M2/100‑101 (MQ=255) tcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaat < 1:10668151‑M2/2‑1 (MQ=255) acagaTAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGAt < 1:12229773/101‑1 (MQ=255) caatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaatt > 1:4009813‑M2/99‑100 (MQ=255) caatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaata > 1:4946995‑M2/99‑101 (MQ=255) caatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaata < 1:12340844‑M2/3‑1 (MQ=255) agaTAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGAGAATGTTATATTTCCTGATaa > 1:9452129/1‑101 (MQ=255) aatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaattc > 1:10230969‑M2/98‑99 (MQ=255) aatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataa > 1:12723976‑M2/98‑101 (MQ=255) atcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaattct > 1:7091891‑M2/97‑98 (MQ=255) atcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaattct < 1:7718890‑M2/5‑4 (MQ=255) tcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatt < 1:1628998‑M2/6‑2 (MQ=255) tcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatt > 1:8239760‑M2/96‑100 (MQ=255) aTAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATt > 1:2101163‑M2/1‑100 (MQ=255) atctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCAt > 1:6039531‑M2/94‑101 (MQ=255) aaCAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtgg < 1:11741585‑M2/101‑4 (MQ=255) ctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttact > 1:2949180‑M2/92‑96 (MQ=255) ctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttact < 1:11377499‑M2/10‑6 (MQ=255) ctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCAttt > 1:10784596‑M2/92‑101 (MQ=255) cAAAATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggat < 1:359455‑M2/101‑6 (MQ=255) tgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttactg > 1:8872997‑M2/91‑95 (MQ=255) tgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttactg > 1:5355491‑M2/91‑95 (MQ=255) tgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTg > 1:2660302‑M2/91‑101 (MQ=255) aaGATGAATGTTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatt < 1:6776340‑M2/101‑7 (MQ=255) gttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaattcttatgtta < 1:5928548‑M2/12‑11 (MQ=255) aGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggattt < 1:620881‑M2/101‑8 (MQ=255) tGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcc > 1:1909026‑M2/1‑91 (MQ=255) ctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttactgcatc > 1:5040567‑M2/87‑91 (MQ=255) ctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAgg > 1:3810139‑M2/87‑101 (MQ=255) ccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCa > 1:12805471‑M2/85‑101 (MQ=255) caatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCaa > 1:1983868‑M2/84‑101 (MQ=255) atatTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccct > 1:4651550‑M2/1‑88 (MQ=255) ttCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATGTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctata > 1:1776755‑M2/1‑85 (MQ=255) gactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATg > 1:5867197‑M2/80‑101 (MQ=255) ctagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTAGCAGGCAAAATGtt > 1:9502417‑M2/78‑101 (MQ=255) gTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccaga < 1:8649973‑M2/101‑25 (MQ=255) tttACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagac < 1:5591587‑M2/101‑26 (MQ=255) taaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCAcc < 1:4734448‑M2/30‑1 (MQ=255) ttAGGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagaca > 1:9754822‑M2/1‑75 (MQ=255) ttACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagaca > 1:13044341‑M2/1‑75 (MQ=255) tACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacat < 1:8520193‑M2/101‑28 (MQ=255) aaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCt < 1:1098809‑M2/32‑1 (MQ=255) ttAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgt < 1:11662154‑M2/101‑32 (MQ=255) ctagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTaaa < 1:10050453‑M2/36‑1 (MQ=255) tAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgtt < 1:4280067‑M2/101‑33 (MQ=255) tAAAAATGTTTAATACTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgtt > 1:11264271‑M2/1‑69 (MQ=255) agtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATg < 1:6397024‑M2/38‑1 (MQ=255) agtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATg < 1:6662212‑M2/38‑1 (MQ=255) aaaTGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatc < 1:4373517‑M2/101‑36 (MQ=255) aaTGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatca > 1:10853147‑M2/1‑65 (MQ=255) aaTGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatca < 1:10481211‑M2/101‑37 (MQ=255) ttaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGta > 1:9201809‑M2/60‑101 (MQ=255) taagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGtat < 1:4567825‑M2/43‑1 (MQ=255) tGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcact > 1:2258127‑M2/1‑63 (MQ=255) ttAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaa > 1:12015285‑M2/1‑60 (MQ=255) tattatTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccca > 1:753240‑M2/1‑56 (MQ=255) tattatTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccca < 1:9611507‑M2/101‑46 (MQ=255) tcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATtctc < 1:9015886‑M2/51‑1 (MQ=255) tattTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggttttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta > 1:12132427‑M2/1‑53 (MQ=255) tattTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta > 1:7264484‑M2/1‑53 (MQ=255) acttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCAt > 1:3190248‑M2/49‑101 (MQ=255) attTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattac < 1:5120725‑M2/101‑50 (MQ=255) attTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattac < 1:8405432‑M2/101‑50 (MQ=255) tttAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattaca > 1:1152593‑M2/1‑51 (MQ=255) ttAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaa > 1:7906234‑M2/1‑50 (MQ=255) ttAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaa > 1:8011531‑M2/1‑50 (MQ=255) tatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATaaa < 1:6495504‑M2/56‑1 (MQ=255) tatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATaaa < 1:4194596‑M2/56‑1 (MQ=255) ttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCg > 1:8959223‑M2/43‑101 (MQ=255) gttgttAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgc > 1:3126503‑M2/1‑44 (MQ=255) 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aCTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcc < 1:5776646‑M2/101‑73 (MQ=255) cTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattccc < 1:1446870‑M2/101‑74 (MQ=255) tCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgt > 1:13147808‑M2/1‑26 (MQ=255) tAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcg > 1:12999226‑M2/1‑22 (MQ=255) tAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcg < 1:3918421‑M2/101‑80 (MQ=255) ttATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcga < 1:9834318‑M2/101‑85 (MQ=255) gctcatataaataattggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgata > 1:11458801‑M2/11‑15 (MQ=255) tatTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataa < 1:11856613‑M2/101‑88 (MQ=255) tatTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataa > 1:12938644‑M2/1‑14 (MQ=255) cagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATc > 1:3364652‑M2/8‑101 (MQ=255) atataaataattggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataaccc > 1:10593325‑M2/7‑11 (MQ=255) gtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCaa > 1:688412‑M2/6‑101 (MQ=255) gATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgc < 1:3723123‑M2/101‑96 (MQ=255) aATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAAt > 1:6283297‑M2/2‑101 (MQ=255) aTAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgca < 1:5469769‑M2/101‑97 (MQ=255) aTAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgca < 1:5243252‑M2/101‑97 (MQ=255) aTAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAAtt > 1:11147855/1‑101 (MQ=255) | GACAGATAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAATT > NC_007779/2589730‑2589930 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |