| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 150,537 | A→C | 2.7% | D139E (GAT→GAG) | yadC ← | fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 150,537 | 0 | A→C | 2.7% | 5.6 ‑2.9 0.0 | 258 | D139E (GAT→GAG) | yadC | fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (8/2): ref base (117/130): total (125/133) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.46e-02 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
AACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGA > NC_007779/150437‑150637 | aCCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTAt > 1:11509884/1‑101 (MQ=255) aCCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTAt > 1:11058296/1‑101 (MQ=255) cccTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATc < 1:8136443/101‑1 (MQ=255) cccTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATc < 1:3201629/101‑1 (MQ=255) ccTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCg > 1:963262/1‑101 (MQ=255) cTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGt < 1:6815101/101‑1 (MQ=255) cTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGt < 1:3691383/101‑1 (MQ=255) tAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTAt < 1:1320328/101‑1 (MQ=255) aGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATg < 1:1254480/101‑1 (MQ=255) tttGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGca < 1:12694608/101‑1 (MQ=255) tttGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGca < 1:7247505/101‑1 (MQ=255) ttggTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGca > 1:10087208/4‑101 (MQ=255) tGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGcaga < 1:9425891/101‑1 (MQ=255) gTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGcagac > 1:711200/1‑101 (MQ=255) cGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGCTTGGAAGGATCTCCTATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCagaccagacc < 1:9363654/101‑1 (MQ=255) ctgtctgtGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCt < 1:7538058/101‑1 (MQ=255) ctgtctgtGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCt > 1:1383376/1‑101 (MQ=255) tgtctgtGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCtt < 1:5856035/101‑1 (MQ=255) gtctgtGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTg < 1:3416589/101‑1 (MQ=255) gtctgtGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTg > 1:6347232/1‑101 (MQ=255) gtctgtGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTg > 1:2200583/1‑101 (MQ=255) gtgACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGatat > 1:8602107/1‑101 (MQ=255) tgACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATAtt < 1:4707525/101‑1 (MQ=255) aCGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATAttta > 1:9663603/1‑99 (MQ=255) cGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAAc < 1:7670636/101‑1 (MQ=255) aaaagaaaaATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATg > 1:6643084/1‑101 (MQ=255) aaaagaaaaATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATg > 1:8708994/1‑101 (MQ=255) aagaaaaATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGgt < 1:6853969/101‑1 (MQ=255) gaaaaATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGgtgt < 1:9756911/101‑1 (MQ=255) gaaaaATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGgtgt > 1:11395199/1‑101 (MQ=255) gaaaaATTCTTGGTCGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGgtgt < 1:11816975/101‑1 (MQ=255) aaaaaTTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTCTCGTATGCCGTCCTCAGCTTTGATATTAACATGGTGTa > 1:11712699/1‑101 (MQ=255) aaaaTTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTaa < 1:2055122/101‑1 (MQ=255) aaaTTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAAt < 1:9345763/101‑1 (MQ=255) aaaTTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAAt < 1:8037345/101‑1 (MQ=255) aaTTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACTAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATa > 1:10916517/1‑101 (MQ=255) aaTTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATa > 1:1632397/1‑101 (MQ=255) aTTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATAc < 1:11745401/101‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACa < 1:10309553/101‑1 (MQ=255) cTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGa > 1:3866026/1‑101 (MQ=255) cTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGa > 1:10290903/1‑101 (MQ=255) ttggttggAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGAc > 1:5711511/1‑101 (MQ=255) tggttggAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTCTCGTATGCAGTCTACTCCCTGGAAATTAACATGGTGTAATACAGAcc > 1:6960819/1‑101 (MQ=255) tggttggAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCCGACTTCTGCTTTGATATTAACATGGTGTAATACAGAcc > 1:9774042/1‑101 (MQ=255) tggttggAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGAcc > 1:7644052/1‑101 (MQ=255) ttggAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAgg > 1:3254995/1‑101 (MQ=255) ttggAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAgg < 1:5396876/101‑1 (MQ=255) tggAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGa < 1:7629855/101‑1 (MQ=255) tggAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGa > 1:5637841/1‑101 (MQ=255) tggAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGa > 1:9705119/1‑101 (MQ=255) tggAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGa < 1:4007992/101‑1 (MQ=255) tggAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGa < 1:10604875/101‑1 (MQ=255) tggAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGa > 1:12049313/1‑101 (MQ=255) gAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAAc < 1:6462149/101‑1 (MQ=255) gAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTATATCGTATGCAGACTTCAGCCTGGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAAc > 1:11613167/1‑101 (MQ=255) aaGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACa > 1:9842968/1‑101 (MQ=255) aaGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACa > 1:8553929/1‑101 (MQ=255) aaGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACa < 1:8831439/101‑1 (MQ=255) aaGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGACATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACa < 1:10248911/101‑1 (MQ=255) aTCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACAGGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATg < 1:2997286/101‑1 (MQ=255) ctcCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTa < 1:6710120/101‑1 (MQ=255) ccGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTAtt > 1:13054348/1‑101 (MQ=255) gATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTaa < 1:10474381/101‑1 (MQ=255) gATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTaa < 1:8434932/101‑1 (MQ=255) atatAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTATATCGTATGCCGACTTCTCCTTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTaaa > 1:11425777/1‑101 (MQ=255) atatAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTAGTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTaaa < 1:9267323/101‑1 (MQ=255) tataGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAAt < 1:5910159/101‑1 (MQ=255) tataGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAAt < 1:4600500/101‑1 (MQ=255) ataGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATa < 1:4200754/101‑1 (MQ=255) aGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGt > 1:2330414/1‑101 (MQ=255) gATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGtt > 1:6908747/1‑101 (MQ=255) aTTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGttt < 1:13082214/101‑1 (MQ=255) ttCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTATATCGTATGCAGACCACACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTa > 1:11019025/1‑101 (MQ=255) ccTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATg > 1:7776011/1‑101 (MQ=255) tGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTc > 1:9125931/1‑101 (MQ=255) ggCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTcc < 1:4900207/101‑1 (MQ=255) 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tATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTg < 1:5142949/101‑1 (MQ=255) aTTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGa < 1:6513218/101‑1 (MQ=255) aTTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGa < 1:10385620/101‑1 (MQ=255) ttGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGaa < 1:3621092/101‑1 (MQ=255) ttGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGaa > 1:5096692/1‑101 (MQ=255) ttGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGaa > 1:150072/1‑101 (MQ=255) ttGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGaa < 1:1703198/101‑1 (MQ=255) gTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAAAAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATa < 1:430055/101‑1 (MQ=255) tATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAg > 1:10022325/1‑101 (MQ=255) aTCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGa < 1:2466790/101‑1 (MQ=255) | AACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGA > NC_007779/150437‑150637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |