| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 2320794 = | NA (NA) | 357 (1.020) | 126/180 | NT | 100% | intergenic (+633/+11) | rcsB/insD | DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with RcsC and YojN/IS2 element protein |
| ? | NC_007779 | = 2589834 | 0 (0.000) | intergenic (+470/‑69) | acrD/yffB | aminoglycoside/multidrug efflux system/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 895 total aligned reads displayed.
GATAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAATTGTGA > NC_007779/2589734‑2589934 | gaTAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAAt > 1:4936805/1‑101 (MQ=255)gaTAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACGTCGATAATGTTATATTTCCTGATAAt > 1:15362968/1‑101 (MQ=255)atcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataat < 1:1967882‑M2/5‑1 (MQ=255) aTAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATt > 1:2667007‑M2/1‑100 (MQ=255) tAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtg > 1:13509954‑M2/1‑99 (MQ=255) catctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataattt < 1:1824473‑M2/7‑3 (MQ=255) tctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttac < 1:8406167‑M2/9‑5 (MQ=255) ctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttact < 1:6997571‑M2/10‑6 (MQ=255) cAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggat > 1:8117128‑M2/1‑96 (MQ=255) cAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggat < 1:14582493‑M2/101‑6 (MQ=255) tgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTg > 1:3808491‑M2/91‑101 (MQ=255) tgttctccaatgactagtctaaaacctgtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGc < 1:6631189‑M2/12‑1 (MQ=255) gttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttactgc < 1:8532354‑M2/12‑8 (MQ=255) gttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttactgc > 1:10520844‑M2/90‑94 (MQ=255) aGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggattt > 1:1470046‑M2/1‑94 (MQ=255) ttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttactgca > 1:16986262‑M2/89‑93 (MQ=255) ttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttactgca < 1:3935171‑M2/13‑9 (MQ=255) ttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCa < 1:7405393‑M2/13‑1 (MQ=255) ttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCa > 1:5170008‑M2/89‑101 (MQ=255) ctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttactgcatc > 1:3671630‑M2/87‑91 (MQ=255) ctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttactgcatc > 1:15262270‑M2/87‑91 (MQ=255) ctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAgg < 1:3533819‑M2/15‑1 (MQ=255) tccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGc < 1:16611350‑M2/16‑1 (MQ=255) gAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgccc < 1:11125889‑M2/101‑12 (MQ=255) ccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCa < 1:8816910‑M2/17‑1 (MQ=255) tatTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgccccta > 1:4334496‑M2/1‑87 (MQ=255) atTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctat > 1:9421262‑M2/1‑86 (MQ=255) tgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAAt > 1:14201120‑M2/81‑101 (MQ=255) tCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatat > 1:2113560‑M2/1‑84 (MQ=255) actagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGt < 1:16204665‑M2/23‑1 (MQ=255) tAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttc > 1:16445416‑M2/1‑81 (MQ=255) tctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCa < 1:17095672‑M2/28‑1 (MQ=255) tctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCa > 1:10731561‑M2/74‑101 (MQ=255) tACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacat < 1:6790824‑M2/101‑28 (MQ=255) aaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCtt < 1:7258250‑M2/33‑1 (MQ=255) aaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCtt > 1:4455868‑M2/69‑101 (MQ=255) aCGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatc > 1:11347287‑M2/1‑73 (MQ=255) aactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTa > 1:10351615‑M2/68‑101 (MQ=255) actagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTaa < 1:16890718‑M2/35‑1 (MQ=255) tagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAAt < 1:13262032‑M2/37‑1 (MQ=255) tagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAAt > 1:8015454‑M2/65‑101 (MQ=255) gtattaagactatcacttatttaaatgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGa < 1:11573309‑M2/39‑1 (MQ=255) aaaaTGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttat < 1:9006529‑M2/101‑35 (MQ=255) taatGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatc < 1:11750568‑M2/100‑36 (MQ=255) aaTGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatca < 1:12573111‑M2/101‑37 (MQ=255) taagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGtat < 1:11975486‑M2/43‑1 (MQ=255) gTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATACTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactt < 1:12106156‑M2/101‑40 (MQ=255) atatTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccc < 1:15095060‑M2/101‑45 (MQ=255) atcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATtct > 1:6011866‑M2/52‑101 (MQ=255) atcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATtct > 1:7732929‑M2/52‑101 (MQ=255) tattTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta > 1:6496326‑M2/1‑53 (MQ=255) acttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCAt < 1:13774085‑M2/53‑1 (MQ=255) cttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATa < 1:5329154‑M2/54‑1 (MQ=255) cttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATa < 1:5758642‑M2/54‑1 (MQ=255) tttAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattaca < 1:1577954‑M2/101‑51 (MQ=255) tatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATaaa > 1:2913648‑M2/46‑101 (MQ=255) tttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATc < 1:14361405‑M2/58‑1 (MQ=255) tttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATc > 1:4832800‑M2/44‑101 (MQ=255) aaTAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagc > 1:8314150‑M2/1‑48 (MQ=255) aTAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcc < 1:15533630‑M2/101‑55 (MQ=255) taagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGa < 1:17618621‑M2/60‑1 (MQ=255) tAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagccc < 1:8744411‑M2/101‑56 (MQ=255) 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aATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAAt > 1:12370834‑M2/2‑101 (MQ=255) aTAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAAtt < 1:5510800/101‑1 (MQ=255) aTCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAATtgtg > 1:12771462/1‑101 (MQ=255) | GATAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAATTGTGA > NC_007779/2589734‑2589934 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |