| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 679372 = | 234 (1.010) | 383 (1.670) | 149/174 | NT | 62.3% | coding (457/555 nt) | ybeT | outer membrane protein |
| ? | NC_007779 | = 689468 | NA (NA) | intergenic (‑33/+297) | insH/lnt | IS5 transposase and trans‑activator/apolipoprotein N‑acyltransferase | |||||
Only 100 of 792 total aligned reads displayed.
CGTTAATGTGCGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTG > NC_007779/679272‑679472 | cactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaacccttttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:2793809‑M1/1‑1 (MQ=255)cactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:1685190‑M1/101‑101 (MQ=255)cactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:1516228‑M1/101‑101 (MQ=255)cactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:1164641‑M1/1‑1 (MQ=255)cactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:6522519‑M1/1‑1 (MQ=255)cactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:4022818‑M1/1‑1 (MQ=255)cactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:836329‑M1/1‑1 (MQ=255)cactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:3128938‑M1/101‑101 (MQ=255)cactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:8550391‑M1/101‑101 (MQ=255)cactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgtgctatggctccagatgacaaacatgatcttatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:7848512‑M1/101‑101 (MQ=255)cGTTAATGTGCGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTATCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACAtt > 1:2552611/1‑101 (MQ=255) actgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttttatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTa > 1:6256235‑M1/100‑101 (MQ=255) actgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTa > 1:2316730‑M1/100‑101 (MQ=255) actgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTa > 1:4607657‑M1/100‑101 (MQ=255) actgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTa > 1:2438755‑M1/100‑101 (MQ=255) actgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTa > 1:4383709‑M1/100‑101 (MQ=255) actgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTa > 1:10155637‑M1/100‑101 (MQ=255) actgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTa > 1:9182460‑M1/100‑101 (MQ=255) actgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTa > 1:2925783‑M1/100‑101 (MQ=255) actgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTa > 1:8053919‑M1/100‑101 (MQ=255) actgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccgtcctTa < 1:8155923‑M1/2‑1 (MQ=255) ctgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTaa > 1:5554449‑M1/99‑101 (MQ=255) aaTGTGCGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATa > 1:591179/1‑101 (MQ=255) ggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCt < 1:9611894‑M1/8‑1 (MQ=255) ggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCt > 1:5009299‑M1/94‑101 (MQ=255) gcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTg > 1:5314505‑M1/93‑101 (MQ=255) gCGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGa > 1:3858727/1‑101 (MQ=255) aggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGcc < 1:2241258‑M1/13‑1 (MQ=255) ggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCa < 1:8456542‑M1/14‑1 (MQ=255) gAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCa > 1:9903021/1‑101 (MQ=255) aGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCAtt > 1:2047949/1‑101 (MQ=255) gCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCAttt < 1:5242504/101‑1 (MQ=255) cccGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTc > 1:7698053/1‑101 (MQ=255) gttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTCAGCCATTTCt > 1:6392842‑M1/83‑101 (MQ=255) tgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGa > 1:10359981‑M1/78‑101 (MQ=255) gactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGAt > 1:11861295‑M1/77‑101 (MQ=255) gactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGAt < 1:5720686‑M1/25‑1 (MQ=255) aGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGAt < 1:7049274/101‑1 (MQ=255) ctcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCa > 1:4554220‑M1/75‑101 (MQ=255) tcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCaa > 1:6602050‑M1/74‑101 (MQ=255) catgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCaaa < 1:4916556‑M1/29‑1 (MQ=255) gaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTaaa < 1:1090099‑M1/35‑1 (MQ=255) ccGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTaaa < 1:8282208/101‑1 (MQ=255) aaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAg < 1:3775843‑M1/36‑1 (MQ=255) aaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAg < 1:3033123‑M1/36‑1 (MQ=255) gCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGt > 1:7229523/1‑101 (MQ=255) gCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGt < 1:10479238/101‑1 (MQ=255) ccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGta > 1:2674541‑M1/64‑101 (MQ=255) ccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGta > 1:562945‑M1/64‑101 (MQ=255) aTTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGtat > 1:6629403/1‑101 (MQ=255) tttttGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGtata > 1:1814522/1‑101 (MQ=255) ctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGtata > 1:1212356‑M1/62‑101 (MQ=255) ttttGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTatat > 1:3529588/1‑101 (MQ=255) tttGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATAtt < 1:3624063/101‑1 (MQ=255) tttGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATAtt < 1:1919275/101‑1 (MQ=255) 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gctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATtgagcatga > 1:8859323‑M1/52‑101 (MQ=255) ctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATtgagcatgag < 1:4774554‑M1/51‑1 (MQ=255) tccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATtgagcatgagc > 1:1979377‑M1/50‑101 (MQ=255) cagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTCCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTgagcatgagcat > 1:86470‑M1/48‑101 (MQ=255) ttGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATa < 1:1098923/101‑1 (MQ=255) agatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATa > 1:11226617‑M1/47‑101 (MQ=255) tgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATAccc > 1:9097453‑M1/44‑101 (MQ=255) ggTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCtt > 1:11327925/1‑101 (MQ=255) ggTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCtt < 1:5434057/101‑1 (MQ=255) ggTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCtt > 1:10017292/1‑101 (MQ=255) acaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCtt < 1:10579422‑M1/60‑1 (MQ=255) aGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTc > 1:7474581/1‑101 (MQ=255) ttAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAgct < 1:11775533/101‑1 (MQ=255) atctcatatcagggacttgttcgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAgctg < 1:8974606‑M1/69‑1 (MQ=255) 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tAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAAt > 1:284352/1‑101 (MQ=255) aaTGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAAtt > 1:6177696/1‑101 (MQ=255) aaTGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAAtt < 1:6735042/101‑1 (MQ=255) cgcaccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTg < 1:1613649‑M1/90‑1 (MQ=255) ccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCttt > 1:1079092‑M1/8‑101 (MQ=255) ccttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCttt > 1:7091986‑M1/8‑101 (MQ=255) cttcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAAAATTGCTTTa > 1:1113017‑M1/7‑101 (MQ=255) tcctTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACg < 1:3247540‑M1/97‑1 (MQ=255) aTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACggg < 1:9503371/101‑1 (MQ=255) TAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTATTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGgtg < 1:8703773‑M1/101‑1 (MQ=255) | CGTTAATGTGCGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTG > NC_007779/679272‑679472 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |