| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 679372 = | 234 (1.010) | 383 (1.670) | 149/174 | NT | 62.3% | coding (457/555 nt) | ybeT | outer membrane protein |
| ? | NC_007779 | = 689468 | NA (NA) | intergenic (‑33/+297) | insH/lnt | IS5 transposase and trans‑activator/apolipoprotein N‑acyltransferase | |||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
TCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATG > NC_007779/689374‑689567 | gCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACa < 1:1399581/101‑1 (MQ=32) cGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACAt > 1:10908702/1‑101 (MQ=33) aaGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACAttt < 1:11841957/101‑1 (MQ=35) aaGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACAttt < 1:9503448/101‑1 (MQ=35) aaGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACAttt < 1:9781400/101‑1 (MQ=35) aGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGTGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTa < 1:2764988/101‑1 (MQ=37) aGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTa < 1:10237205/101‑1 (MQ=37) aGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTa > 1:5857447/1‑101 (MQ=37) ggTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGTCAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAg > 1:11298489/1‑101 (MQ=38) gTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGt < 1:11512559/101‑1 (MQ=39) tAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGtt > 1:659720/1‑101 (MQ=40) gTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTgg < 1:10328700/101‑1 (MQ=255) gTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTgg < 1:10424676/101‑1 (MQ=255) ttGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGc > 1:8943663/1‑101 (MQ=255) tgatgaCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt > 1:8070740/1‑101 (MQ=255) gatgaCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTTGCTa < 1:613137/101‑1 (MQ=255) atgaCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTaa > 1:6988803/1‑101 (MQ=255) atgaCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTaa > 1:6882151/1‑101 (MQ=255) gaCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAt < 1:8231614/101‑1 (MQ=255) gaCTCATGATGAACCCTGTTCTA‑GGCTTCAAATTGCCAAAC‑TGGTCTTCATTTCGGGGA‑TTTTTCGGACCCTTCCTCAGGT‑ACCTTTAGTTTGGCTAAATg > 1:4969896/1‑101 (MQ=255) aCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg < 1:2467320/101‑1 (MQ=255) aCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg < 1:6514681/101‑1 (MQ=255) cTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGt < 1:10987833/101‑1 (MQ=255) tCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa > 1:447785/1‑101 (MQ=255) atgatgAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTaaa < 1:3387726/101‑1 (MQ=255) tgatgaACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAg < 1:7732866/101‑1 (MQ=255) tgatgaACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAg > 1:3116541/1‑101 (MQ=255) gatgaACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑T‑ACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGat < 1:1933707/101‑1 (MQ=255) atgaACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGat < 1:7595939/101‑1 (MQ=255) atgaACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGat < 1:4495128/101‑1 (MQ=255) tgaACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGata < 1:7868267/101‑1 (MQ=255) gaACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat < 1:5140341/101‑1 (MQ=255) aaCCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAtt < 1:7122811/101‑1 (MQ=255) aaCCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAtt > 1:6272048/1‑101 (MQ=255) ccTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCt < 1:7191920/101‑1 (MQ=255) ttCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt > 1:7265415/1‑101 (MQ=255) ttCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt < 1:10217779/101‑1 (MQ=255) tCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtttt > 1:11384824/1‑101 (MQ=255) tATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAt > 1:4009462/1‑101 (MQ=255) tATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAt < 1:9417987/101‑1 (MQ=255) aTGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAtt < 1:2518726/101‑1 (MQ=255) tGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTGGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttg < 1:4367032/101‑1 (MQ=255) tGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttg < 1:3722897/101‑1 (MQ=255) ggCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttgt < 1:8627148/101‑1 (MQ=255) gCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttgtt > 1:10935750/1‑101 (MQ=255) cTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttgttt > 1:6838564/1‑101 (MQ=255) tCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttgtttg < 1:10598726/101‑1 (MQ=255) tCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttgtttg > 1:1337404/1‑101 (MQ=255) tCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttgtttg > 1:11689348/1‑101 (MQ=255) ccAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttgtttgt > 1:3269228/1‑101 (MQ=255) aGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTgtttgttt < 1:9172098/101‑1 (MQ=255) gA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGtttt < 1:34830/101‑1 (MQ=255) a‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGttttt < 1:6483710/101‑1 (MQ=255) aaaCATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCgag < 1:5713604/101‑1 (MQ=255) aaaCATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCgag > 1:8379316/1‑101 (MQ=255) aaCATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCgaga < 1:2277403/101‑1 (MQ=255) aCATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGAt > 1:8754081/1‑101 (MQ=255) cATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATg < 1:11258886/101‑1 (MQ=255) tGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATgcg < 1:2367404/101‑1 (MQ=255) tGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATgcg < 1:1181003/101‑1 (MQ=255) tGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATgcg < 1:10016594/101‑1 (MQ=255) gATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATgcgc > 1:1753608/1‑101 (MQ=255) aTC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGcgcc > 1:7355633/1‑101 (MQ=255) aTC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGcgcc < 1:8189178/101‑1 (MQ=255) aTC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGcgcc > 1:11422314/1‑101 (MQ=255) c‑tcATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGcgccgc < 1:2855094/101‑1 (MQ=255) c‑tcATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGcgccgc > 1:8458871/1‑101 (MQ=255) tcATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCa < 1:4254905/101‑1 (MQ=255) atatCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCAcc > 1:9890775/1‑101 (MQ=255) 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a‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCtt < 1:10731501/101‑1 (MQ=255) a‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCtt > 1:9699698/1‑101 (MQ=255) ccttccttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCGGAAGCAAAATTCTTa > 1:209919/1‑101 (MQ=255) ccttccttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTa < 1:1584700/101‑1 (MQ=255) ccttccttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTa < 1:8892562/101‑1 (MQ=255) cttccttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTaa < 1:2641143/101‑1 (MQ=255) ttccttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTaaa < 1:10672819/101‑1 (MQ=255) ttccttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTaaa > 1:10066916/1‑101 (MQ=255) tccttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTaaaa < 1:4264060/101‑1 (MQ=255) ccttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAAt > 1:1525751/1‑101 (MQ=255) | TCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGA‑TGACAAACATGATC‑TCATATCAGGGACTTGTTCGCA‑CCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATG > NC_007779/689374‑689567 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |